Practica los cálculos

Ejercicios de autoevaluación sobre procedimientos básicos de cálculo en el laboratorio:
(se abren en una ventana nueva)

• Diluciones
• Conversión de unidades
• Absorbancia y concentración

Cibertorio: laboratorio virtual de biología molecular

Prestaciones:

• Digestión de DNA con enzimas de restricción (81 enzimas disponibles).
• Amplificación por PCR múltiplex de segmentos de DNA que incluyen marcadores polimórficos STR CODIS.
• Electroforesis de fragmentos de DNA en gel de agarosa y revelado con bromuro de etidio.
• Secuenciación de DNA empleando didesoxinucleótidos y electroforesis. Marcado con un radioisótopo, con un fluorocromo o con 4 fluorocromos.
• PCR (en proyecto).

Posibles aplicaciones:

• Diagnóstico molecular mediante RFLP de polimorfismos genéticos.
• Análisis forense de DNA.
• Pruebas de paternidad mediante PCR múltiplex de marcadores genéticos STR polimórficos.
• Mapeo de restricción.

Información previa:

• Animación de electroforesis de ácidos nucleicos en gel
• Otra animación, explicando y simulando todo el proceso

Consulta también la bibliografía

Acceso:

Acceso al laboratorio virtual.

Guiones de trabajo:

1. Polimorfismo β^A/β^S en el gen de globina beta, causante de la drepanocitosis y la anemia drepanocítica (anemia de células falciformes):

   1A		Ensayo de enzimas de restricción para analizar este polimorfismo mediante RFLP.
   		Grupos de enzimas adecuados para la práctica.
   		Preguntas de evaluación de los resultados.
   1B		Diagnóstico genético molecular del polimorfismo mediante RFLP.
   		Preguntas de evaluación de los resultados.
   1C		Secuenciación de DNA para analizar este polimorfismo (método de los didesoxinucleótidos).
   		Preguntas de evaluación de los resultados.
   1D		Introducción a las bases de datos de secuencia genómica y análisis de secuencias relacionadas con este polimorfismo.

2. Análisis de paternidad mediante PCR múltiplex de marcadores STR.
        Guión simple.

Bibliografía:

• Libros de texto diversos.
• “Texto Ilustrado de Biología Molecular e Ingeniería Genética”. José Luque y Angel Herráez. Ediciones Harcourt (Elsevier España), 2001. Págs. 235-237 y 381-383.
• “Marcadores moleculares: qué son, cómo se obtienen y para qué valen”. M. Gonzalo Claros Díaz , Universidad de Málaga.
• “Estrategias en el diagnóstico molecular de las enfermedades hereditarias”. Joan Fibla Palazón, Dep. Ciencias Médicas Básicas, Fac. Medicina, Universidad de Lérida:
  • Herramientas y metodologías para la detección de mutaciones: enzimas de restricción, separación electroforética.
  • Secuencias polimórficas: polimorfismos del tamaño de los fragmentos de restricción, aplicación en el diagnóstico indirecto de enfermedades hereditarias.

Simulador de electroforesis de proteínas sobre acetato de celulosa

Prestaciones:

• Electroforesis de proteínas séricas o de isoenzimas de LDH sobre acetato de celulosa.
• Se observa sólo el resultado final.
• Revelado con azul de Coomassie, con negro amido o con rojo Ponceau, o mediante autorradiografía (para proteínas séricas).
• Revelado enzimático para LDH.
• Una sola muestra cada vez.
• Perfiles predefinidos: normales y patológicos, o bien perfil a petición en función de las proporciones de cada componente que se indiquen.
• Trazado automático de la imagen de bandas sobre la tira de acetato y de su densitograma. Posibilidad de superponer densitogramas sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Interpretación clínica de perfiles de proteínas séricas.
• Perfil diferencial de isoenzimas de LDH en diferentes tejidos.
• Interpretación clínica de perfiles isoenzimáticos de LDH.

Acceso:

Acceso al simulador para proteínas séricas y para isoenzimas LDH.

Simulador de electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS (SDS-PAGE)

Prestaciones:

• Electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS; revelado directo.
• Varias concentraciones de acrilamida disponibles: 7,5; 10; 12 y 15%.
• 4 voltajes disponibles para el desarrollo de la separación.
• Una calle para patrones y otra para muestra.
• 7 proteínas patrón de tamaño conocido y 10 muestras problema (con una sola proteína).
• Se observa el avance de la separación.
• Trazado automático de la recta de calibrado e interpolación dirigida.

Posibles aplicaciones:

• Determinación de masa molecular de las proteínas problema.

Acceso:

Acceso al simulador.

Guiones de trabajo:

Ejercicio 1: influencia de la diferencia de potencial aplicada.

Ejercicio 2: influencia de la concentración de acrilamida.

Ejercicio 3: determinación de la masa molecular de proteínas problema.

Ejercicio 4: determinación de estructura cuaternaria (I).

Ejercicio 5: determinación de estructura cuaternaria (II).

Simulador de espectros de absorción ultravioleta de proteínas y ácidos nucleicos  

Prestaciones:

• Espectro de absorción entre 230 y 340 nm de proteínas y DNA.
• Valores de absorbancia a 260 y 280 nm, y cociente entre ambas.
• Perfiles predefinidos: proteínas, DNA y cuatro mezclas de ejemplo.
• Perfiles a petición en función de las proporciones de cada tipo de molécula que se indiquen.
• Posibilidad de superponer espectros sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Demostración del valor analítico de la técnica para evaluar la contaminación de DNA por proteínas o viceversa.

Acceso:

Acceso al simulador.

Simulador de espectros de dicroísmo circular de proteínas  

Prestaciones:

• Espectro de DC entre 173 y 250 nm.
• Se observa sólo el resultado final.
• Perfiles predefinidos: alfa, beta, giro, aleatoria y cuatro proteínas de ejemplo.
• Perfiles a petición en función de las proporciones de cada tipo de estructura secundaria que se indiquen.
• Posibilidad de superponer espectros sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Demostración del valor analítico de la técnica de dicroísmo circular para diferenciar los distintos tipos de estructura secundaria de proteínas.
• Predicción de espectros de dicroísmo.

Acceso:

Acceso al simulador.

En proyecto:

• Ideas para módulos futuros:
  • Mapas peptídicos
  • Cromatografía
  • Intervalo de resolución en electroforesis
  • Formación de gradientes continuos (centrifugación, electroforesis)

Si estás interesado en colaborar en la construcción de alguno de estos laboratorios virtuales, o aportar ideas para nuevos guiones, envía un mensaje electrónico.