Técnicas de laboratorio en bioquímica

Cultivos celulares

Recuento celular

Recuento de células: determinación de la concentración de células en una suspensión, empleando un hemocitómetro o cámara de Neubauer.

Viabilidad celular

El concepto de viabilidad hace referencia a la capacidad de una célula para realizar sus procesos bioquímicos y fisiológicos, en particular en lo relativo a su metabolismo y a su capacidad de división en dos células hijas. El problema es que a menudo se emplea este mismo término con criterios diversos:

1. integridad de la célula
2. actividad metabólica
3. capacidad para dividirse, o proliferación

A ello se debe que existan numerosos "ensayos de viabilidad" distintos, bien por los fundamentos, método y técnica de detección elegidos o bien, mucho más importante, por el tipo de viabilidad que evalúan.

Algunos ejemplos:

Ensayo de viabilidad celular (integridad de la membrana) mediante exclusión del colorante azul tripano.

Ensayo de viabilidad celular (actividad metabólica) mediante reacción del MTT.

Explicación teórica de los diferentes tipos de ensayo.

Cromatografía

Apuntes

Nomenclatura de cromatografía

Bibliografía

• Cap. 8 de Freifelder (1991)
• p.166-8 de Mathews 2ª ed. (1998)
• p.176-9 de Alberts 3ª ed. (1996)
• p.164 de Alberts (1999)
• p.49-50 de Stryer 4ª ed. (1995)

Problemas (con respuestas)

Esquemas animados:

• Separación de moléculas sobre una capa fina (CanalDivulgación, Instituto de Química Orgánica General, CSIC)
• Separación de moléculas en una columna (Biomodel)
• Cromatografía de intercambio iónico (Cytiva)
• Cromatografía de afinidad (Biomodel)
• Cromatografía de afinidad (Cytiva)
• Cromatografía de exclusión molecular (Biomodel)
• Cromatografía de exclusión molecular, o filtración en gel (Cytiva)

Simulador para comprender la cromatografía de exclusión molecular (o filtración en gel)

Simulador de cromatografía en columna para proteínas

Centrifugación

Apuntes

Bibliografía

• Cap. 11 de Freifelder (1991) ("Sedimentación")
• p.165-6 de Mathews 2ª ed. (1998)
• p.122-5, 136-7 de Luque (2001)
• p.125-7, web 10.2 a 10.5, p. 139-40 de Herráez (2012)
• p.172-4 de Alberts 3ª ed. (1996)
• p.162-3 de Alberts (1999)
• p.51-2 de Stryer 4ª ed. (1995)
• Página en la Western Kentucky University:   [Copia archivada]

Problemas (con respuestas)

Cálculo de la fuerza centrífuga relativa a partir de la velocidad, y viceversa.

Esquemas animados:

• Separación de las moléculas de una mezcla durante la centrifugación zonal o de velocidad de sedimentación.
• Proceso experimental para la centrifugación por velocidad de sedimentación.

Electroforesis

Apuntes

Descripción de algunos reactivos

Vocabulario propio de esta técnica

Bibliografía

• Cap. 9 de Freifelder (1991)
• p.56-60, 230-1 de Mathews 2ª ed. (1998)
• p.137-9 de Luque (2001)
• p.140-2, web 10.13 y 10.14 de Herráez (2012)
• pp.179-84, 317-8 de Alberts 3ª ed. (1996)
• p.165, 320 de Alberts (1999)
• pp.46-8, 121 de Stryer 4ª ed. (1995)
• B. D. Hames and D. Rickwood. Gel electrophoresis of proteins: A practical approach, 2ª ed. IRL Press at Oxford University Press, Oxford. 1990.
• D. Rickwood and B. D. Hames. Gel electrophoresis of nucleic acids: A practical approach, 2ª ed. IRL Press at Oxford University Press, Oxford. 1990.
• A. P. Monaco. Pulsed field gel electrophoresis: A practical approach. IRL Press at Oxford University Press, Oxford. 1995.
• R. Westermeier. Electrophoresis in practice - A guide to theory and practice. VCh., Weinheim 227, 1993.

Problemas (con respuestas)

Esquemas animados:

• Electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS (SDS-PAGE). (animación en inglés, procede del libro de Lodish)
• Electroforesis de ácidos nucleicos en gel
• Otra, explicando y simulando todo el proceso
• Mecanismo de la separación del DNA en un gel

Vídeos:

• Electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida; demuestra cómo se realiza todo el proceso en un laboratorio (11 min; Guillermo Corrales e Israel Sánchez Moreno, Instituto de Química Orgánica General, CSIC)
• Electroforesis de DNA en gel de agarosa; demuestra cómo se realiza todo el proceso en un laboratorio (7 min; Ana María Pérez de Castro, Universidad Politécnica de Valencia)

Simuladores:

• Simulador de electroforesis SDS-PAGE para proteínas y determinación de su masa molecular.
• Simulador de electroforesis sobre acetato de celulos para proteínas plasmáticas e isoenzimas de lactato deshidrogenasa.

Técnicas isotópicas

Apuntes

Reglas de nomenclatura de los compuestos marcados isotópicamente

Bibliografía

• Caps. 3 y 4 de Freifelder (1991) ("Marcado y contaje radiactivo", "Autorradiografía")
• p.486-91 de Mathews 2ª ed. (1998)
• p.189-91 de Alberts 3ª ed. (1996)
• p.714-7 de Karp (1998)

Problemas (con respuestas)

Problemas sobre la ley de desintegración, con resolución gráfica (autoevaluación)

Problemas sobre la ley de desintegración, con resolución numérica (autoevaluación)

Problemas de datación con carbono-14 (autoevaluación)

Técnicas inmunoquímicas

Detección de anticuerpos contra el virus SARS-CoV-2 ("ensayos rápidos" para el coronavirus)
Fundamento y simulación con animaciones interactivas.

Ensayo ELISA para medir concentración de vitamina D.

Ensayos de unión de ligandos

Apuntes

Ejercicio que acompaña a los apuntes

Bibliografía

• Guía para el análisis de datos de unión de radioligandos:
  (en inglés, de GraphPad Software, en web y para descargar archivo PDF). Dirección alternativa

Problemas (autoevaluación)

Bibliografía citada

Alberts, B.; Bray, D.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K. y Watson, J. D. (1996). Biología molecular de la célula, 3ª ed. Omega.

Alberts, B.; Bray, D.; Johnson, S.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K. y Walter, P. (1999). Introducción a la biología celular. Omega.

Freifelder, D. (1991). Técnicas de bioquímica y biología molecular. Reverté.

Herráez, A. (2012) Texto ilustrado e interactivo de biología molecular e ingeniería genética: conceptos, técnicas y aplicaciones en ciencias de la salud, 2ª ed. Elsevier.

Karp, G. (1998). Biología Celular y Molecular. McGraw-Hill Interamericana.

Luque, J. y Herráez, A. (2001) Texto ilustrado de biología molecular e ingeniería genética: conceptos, técnicas y aplicaciones en ciencias de la salud. Harcourt-Elsevier.

Mathews, C. K. y Van Holde, K. E. (1998). Bioquímica, 2ª ed. McGraw-Hill Interamericana.

Stryer, L. (1995). Bioquímica, 4ª ed. Reverté.