Estructuralmente, los ácidos grasos trans son muy similares a los saturados; en los triacilgliceroles y en los glicerofosfolípidos se sitúan preferencialmente en la posición sn-1 que es la que suelen ocupar los ácidos grasos saturados.
La presencia de ácidos grasos trans en los fosfolípidos de las membranas celulares reduce la fluidez de la membrana debido a su mayor punto de fusión y esto puede condicionar la actividad de proteínas insertas en la bicapa lipídica de la membrana y, por tanto, la funcionalidad de ésta.
Nutricionalmente, los ácidos grasos trans parecen tener efectos metabólicos similares a los de los ácidos grasos saturados: modifican negativamente el perfil lipídico aumentando los niveles de colesterol-LDL y reduciendo los de -HDL por lo que aumentan el riesgo de enfermedades cardiovasculares. Por otro lado, pueden interferir en el metabolismo de los ácidos grasos esenciales.
En función de esto, con cada vez mayor frecuencia en el etiquetado nutricional de ciertos alimentos se destaca la ausencia de ácidos grasos trans en su composición, como indica el Reglamento (CE) N.º 1924/2006 del Parlamento Europeo y del Consejo del 20 de diciembre de 2006, relativo a las declaraciones nutricionales y de propiedades saludables en los alimentos, que en su Anexo incluye valores límite para los ácidos grasos trans en las declaraciones nutricionales denominadas "Bajo contenido de grasas saturadas" y "Sin grasas saturadas".
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