Exemplo 1
Proteína GCN4 de levedura; se mostra só uma parte da proteína, a qual corresponde ao motivo cremalheira de leucina, ligada a um fragmento de DNA.

Cada cadeia se mostra numa cor: os 2 filamentos de DNA e
2 cadeias na proteína.

A estrutura que é comum as outras proteínas, e por isto se chama motivo, está constituída por dois segmentos peptídicos em alfa-hélice, que por sua vez se enrolam ligeiramente entre si (formando um superhelicoide). Num extremo, estas hélices interagem entre si e no outro o fazem com sequências específicas de bases no sulco maior do DNA.

Vista superior para apreciar o enrolamento mutuo das duas cadeias proteicas helicoidales.
Para ver  melhor:
1º) deter a rotação;    como?
2º) carregar aqui
3º) antes de continuar, activar outra vez a rotação    como?

A  interacção entre as duas hélices mantém-se principalmente devido a forças do tipo hidrofóbico entre cadeias laterais de leucina, situadas cada 7 resíduos na sequência (2 voltas de alfa-hélice).

Por outro lado, na região que contacta com o DNA existe abundância de aminoácidos com carga positiva, como arginina.

Vista ampliada dum dos contactos entre leucinas de ambas cadeias (cadeias laterais numa cor mais escura, outros aminoácidos em cor CPK).

Modelo espacial compacto