Exemplo 1
Dímero da proteína MAT alfa-2 de levedura, com dois homeodomínios idênticos, ligado a um fragmento de DNA de 21 pb.

Cada cadeia se mostra numa cor: os 2 filamentos de DNA e
2 motivos na proteína dimérica.

A estrutura que é comum as outras proteínas, e por isto se chama motivo, está constituída por:
1) um motivo do tipo hélice-giro-hélice que contacta com o sulco maior do DNA (dois fragmentos em alfa-hélice separados por um curto fragmento sem estrutura secundária);
2) uma terceira hélice, externa ao DNA;
3) um fragmento sem estrutura secundária definida que interage com o DNA no sulco menor.
Ademais, cada proteína em particular possui outras regiões que formam o resto da molécula, não mostradas.

Vista axial:      Para ver melhor:
1º) deter a rotação;    como?
2º) carregar aqui
Observe como as duas hélices de reconhecimento encaixam em posições sucessivas do furco maior.
3º) antes de continuar, activar outra vez a rotação    como?

Modelo espacial compacto
Carrega aqui  para destacar numa cor escura o peptídeo que contacta com o sulco menor.

Outro exemplo de proteína com dois motivos homeodomínio
Neste caso, um heteodímero formado por uma subunidade da proteína anterior MAT alfa-2 e outra duma proteína semelhante, MAT A-1.