Exemplo 1
Dímero da proteína Max de rato, com dois motivos hélice-bucle-hélice idênticos, ligado a um fragmento de DNA de 22 pb.

Cada cadeia se mostra numa cor: os 2 filamentos de DNA e
2 motivos na proteína dimérica.

A estrutura que é comum a outras proteínas, e por isto se chama motivo, está constituída por:
1) um fragmento em alfa-hélice, que encaixa no sulco maior do DNA e interage directamente com as bases nitrogenadas (equivalente a  "hélice de reconhecimento" do motivo hélice-giro-hélice);
2) um fragmento de peptídeo sem estrutura secundária, mais cumprido que no motivo hélice-giro-hélice, chamado por isto  bucle, em inglês loop);
3) outra alfa-hélice que não interage com o DNA mas sim com a outra cadeia proteica, estabilizando o dímero.
(As cores são mais escuras para uma das duas subunidades proteicas).
Estes três componentes atribuem o nome ao motivo. Ademais, cada proteína em particular possui outras regiões que formam o resto da molécula, não mostradas.

Modelo espacial compacto

Outro exemplo de proteína com dois motivos hélice-bucle-hélice
USF, proteína humana ("factor estimulador de sequência acima"), ligado ao DNA.
Observe como a posição e dimensões do bucle e da segunda hélice são diferentes ao exemplo anterior.