Composición y secuencia

A pesar de cierta diversidad (téngase en cuenta que las arañas verdaderas llevan evolucionando más de 200 millones de años, cuando se separaron evolutivamente de otras arañas como las actuales tarántulas, y de otros animales que producen seda), todas las sedas de araña tienen en común una composición singular:

• Glicina y alanina son muy mayoritarios, superando la mitad del total de aminoácidos (50-70%);por ejemplo, un 42% Gly y un 25% Ala.
• Los siguientes más abundantes son Gln, Ser, Leu, Val, Pro, Tyr y Arg.
• Las espidroínas 1 y 2 difieren principalmente en el contenido de Pro y Tyr: la espidroína 2 tiene más prolina; el resto es similar.
• Por ejemplo, en las espidroínas NCMAG2 y ADMAG1 los aminoácidos G, A, P, S y T suman el 99%.

Asimismo, presentan secuencias inusuales de aminoácidos repetidos, según unos pocos patrones:

• poli(A): regiones ricas en Ala, con estructura cuasi-cristalina. De 4 a 9 residuos de Ala en cada bloque. Por ejemplo, es frecuente la secuencia (ASA₆)_n.
• poli(GA): regiones ricas en Gly, con estructura más desordenada.
• poli(GGX): es la secuencia más abundante en la espidroína 1.
• poli(GPGX_n), (GGYGPG)_n, (GPGQQ)_n.
• (GPGGX)_n y (GPGQQ)_n son las principales en la espidroína 2 (formando espirales beta).
• GLGXQG: formando un giro beta.

En comparación con la seda de gusano, la de todas las arañas tiene menos Gly, Ala y Ser, formando menos hoja beta y más hélice.

En la estructura de la seda de araña se encuentran dos tipos de regiones: unas ordenadas, denominadas cristalinas, y otras de estructura menos regular, antes llamadas amorfas, aunque ahora se sabe que esto no es estrictamente correcto.

		Ricas en Ala o cristalinas
		Ricas en Gly o "amorfas"