Aunque el ácido α-linolénico es el sustrato preferido de la desaturasa Δ6, se forma más ácido araquidónico que eicosapentaenoico debido a que la dieta aporta más cantidad de ácido linoleico. Debido a este metabolismo relativamente ineficaz, los ácidos grasos eicosapentaenoico y docosahexaenoico se pueden considerar en cierta medida también esenciales. La capacidad de conversión del α-linolénico en docosahexaenoico es mayor en mujeres que en varones, algo que se atribuye al efecto de los estrógenos; en varones jóvenes, el 8% del α-linolénico de la dieta se convierte en eicosapentaenoico y sólo hasta el 4% de éste da docosahexaenoico, mientras que en mujeres jóvenes, los valores correspondientes son de 21% y 9%, respectivamente, para ambas conversiones.
Los ácidos grasos producidos pueden incorporarse a lípidos de membrana y cumplir una función estructural, pero también pueden generar distintas moléculas de señalización; tres ácidos grasos de veinte carbonos, tanto ω−3 como ω−6, son precursores de los eicosanoides:
En general, los eicosanoides derivados de los ω−6, fundamentalmente del ácido araquidónico, promueven la respuesta inflamatoria, mientras que los derivados de los ω−3 son débiles promotores de la inflamación e, incluso, a los ω−3 se les otorga un papel antiinflamatorio porque reducen la producción de eicosanoides inflamatorios, al inhibir el metabolismo del ácido araquidónico, y también porque regulan la expresión de genes inflamatorios.
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