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Páginas de complemento al estudio de bioquímica y biología molecular


Esta es la página de acceso con explicaciones detalladas; alternativamente, puedes usar la página principal, con accesos rápidos.

¿Qué es Biomodel?

"Biomodel.UAH.es" es una sede web que incluye materiales diversos destinados a complementar tanto la docencia como el aprendizaje
autónomo en bioquímica y biología molecular. Se incide especialmente en todo tipo de material donde el movimiento y la interación del usuario aporten una experiencia enriquecedora para un aprendizaje más rápido y eficaz, más allá de las limitaciones de los medios impresos.

Entre sus contenidos destacan los modelos moleculares, las animaciones interactivas, las simulaciones de técnicas de laboratorio y los
laboratorios virtuales.

Técnicamente, Biomodel se compone de páginas web que usan HTML5, JavaScript y CSS. Es compatible con múltiples plataformas (PC Windows, Mac, Linux, tabletas, incluso teléfonos dentro de las limitaciones de potencia y tamaño de pantalla).

Enlaces externos recomendados:

El lenguaje científico:

libro y pluma

1. Vocabulario inglés-español de bioquímica y biología molecular
(G. Claros, V. Saladrigas y D. González-Halphen)

2. Normas para la escritura científica en español
(G. Claros)

3. Colección de acrónimos
(E. Castro)

portada del libro4. Ideas, reglas y consejos para traducir y redactar textos científicos en español
(G. Claros)

Texto ilustrado de biología molecular e ingeniería genética: Conceptos, técnicas y aplicaciones en ciencias de la salud, 2ª ed.
portada del libro
Cómo utilizar Jmol para estudiar y presentar estructuras moleculares. Volumen 1: aprendiendo a usar Jmol (niveles básico e intermedio)
portada del libro
Sede web de la Unidad de Bioquímica y Biología Molecular, Dep. de Biología de Sistemas
BioROM
«Modelos moleculares»
(Enrique Battaner, Univ. Salamanca)
«Aula Virtual de Biología»
(Univ. Murcia)
Modelo molecular «Insulina»
(Janneth Vásquez, Academia Colombina de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales)

Información general de estas páginas:

   Las secciones "Biomodel" contienen modelos moleculares en movimiento e interactivos que, junto con texto explicativo, ilustran la estructura tridimensional de las biomoléculas.
   Para ver Biomodel-1 a -5 ya no se necesita tener instalado Java pero sí es necesario un navegador moderno.
  Las otras secciones tienen información diversa y algunas requieren también conectores apropiados para ver las películas (todos ellos pueden conseguirse gratuitamente). 

Novedades
Novedades (20/9/17) e historia de esta sede web.
Información
Presentación de las secciones Biomodel-1 a -5, información sobre los programas usados y sobre la configuración necesaria del ordenador, enlaces a otras páginas web relacionadas.
Páginas técnicas
Sección técnica: configuración del ordenador.
Páginas técnicas
Sección de autoría: herramientas, trucos... para preparar páginas web.
Páginas técnicas
Sección técnica de autoría: preparación de páginas con Jmol.
1.

Biomodel-1: complementos visuales informáticos para Bioquímica y para Biología Molecular e Ingeniería Genética (nivel universitario)

Ácidos nucleicos, proteínas y sus interacciones mutuas.

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Versión con Jmol. recomendada
Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.
2.

Biomodel-2: más complementos visuales informáticos para Bioquímica

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El mundo de los lípidos.
Estructura y propiedades de lípidos.

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Modelo de bicapa lipídica: colesterol, fosfolípidos, bicapa y canal de gramicidina.
Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.

méritoBiomodel-2 se incluyó (en español y en inglés) en BioMolecular Explorer 3D, version 2, un sitio web y CD-ROM “diseñado para proporcionar a los profesores de biología en enseñanza secundaria un fácil acceso a estructuras tridimensionales interactivas de moléculas biológicamente relevantes”.

3.

Biomodel-3: complementos visuales informáticos para bioquímica en enseñanza secundaria

Versión simplificada. Incluye la estructura tridimensional de algunos ejemplos de glúcidos, lípidos, vitaminas, aminoácidos, péptidos, proteínas, nucleótidos y ácidos nucleicos.

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Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.

premioBiomodel-3 recibió un tercer premio en el concurso 2006 del Ministerio de Educación y Ciencia de España para materiales educativos curriculares en soporte electrónico que puedan ser utilizados y difundidos en internet.

méritoBiomodel-3 se incluyó (en español y en inglés) en BioMolecular Explorer 3D, version 2, un sitio web y CD-ROM “diseñado para proporcionar a los profesores de biología en enseñanza secundaria un fácil acceso a estructuras tridimensionales interactivas de moléculas biológicamente relevantes”.

4.

Biomodel-4: estructura del DNA

Guía para el estudio mediante la investigación autónoma.

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Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.

méritoBiomodel-4 se incluyó (en español y en inglés) en BioMolecular Explorer 3D, version 2, un sitio web y CD-ROM “diseñado para proporcionar a los profesores de biología en enseñanza secundaria un fácil acceso a estructuras tridimensionales interactivas de moléculas biológicamente relevantes”.

   Esta guía para la estructura del DNA está disponible en español, inglés, portugués, francés, alemán, italiano, rumano, polaco, turco y chino.

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5.

Biomodel-5: biopolímeros

Material complementario y otras biomoléculas menos habituales.

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Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.

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A.

Proyecto Genoma Humano

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Documental en vídeo
B.

Citogenética: el estudio de los cromosomas

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Información general de citogenética: Morfología de los cromosomas, cariotipo, análisis cromosómico, anomalías cromosómicas, estudio citogenético por tinción de bandas y por fluorescencia (técnica FISH).
   ( Por cortesía de  Dave McDonald  y  Dynagene Cytogenetics Laboratory )

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Citogenética clínica: Introducción a la Citogenética y análisis cromosómico. Cariotipo, tipos de bandeado, FISH. Anomalías cromosómicas. Múltiples fotos y dibujos animados de cariotipos anormales.
   ( Por cortesía de   Marshall Horwitz, University of Washington School of Medicine )

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Genes, cromosomas y meiosis: Definiciones y figuras (genotipo, fenotipo, gen, alelo, cromosoma, cromátida). El proceso de meiosis: figuras y dibujo animado; meiosis I y II.
   ( Por cortesía de   Marshall Horwitz, University of Washington School of Medicine )

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Genética del cáncer: Oncogenes, genes oncosupresores y genes "mutadores" (genes de reparación o del ciclo celular)
   ( Por cortesía de   Marshall Horwitz, University of Washington School of Medicine ) subir

C.

diagrama circular del códigoCódigo genético

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En representación circular (diagrama del "sol naciente") - ¡ahora asistido e interactivo!
D.

Esquemas animados de técnicas y procesos bioquímicos

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Estructura: 

Agua y tampones. Carbohidratos. Proteínas. DNA. Membranas.

Procesos: 

Enzimas. Metabolismo. Transporte intracelular. Replicación. Transcripción. Maduración del RNA. Traducción. Maduración de proteínas. Procesos celulares.

Técnicas: 

Centrifugación. Cromatografía. Electroforesis. Hibridación. DNA recombinado.

E.

Estereoisomería de biomoléculas

(Autoevaluación interactiva con modelos tridimensionales)

  • Isomería óptica: enantiómeros, nomenclatura R-S, fórmulas de proyección de Fischer, diastereómeros.
  • Monosacáridos: nomenclaturas D-L y R-S, fórmulas de Fischer, de Newman, de Haworth, nomenclatura alfa-beta.
  • Disacáridos y polisacáridos.
  • Aminoácidos y péptidos
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Compatible con todos los navegadores modernos WinXP MacOS Linux.

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F.

Páginas en español de «El Proyecto Biológico» (originado en la Universidad de Arizona)

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Versión local en español de las secciones

  • Bioquímica (completa)
  • Biología Molecular (completa)
  • Biología Humana ("ADN en medicina legal")

Traductores: Angel Herráez, Mª Cristina Tejedor y Pilar Sancho (UAH), Isabel Carrero (UVa), Jesús Salgado (UV). subir

G.

Estudio de los ácidos nucleicos

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Análisis electroforético de DNA plasmídico

(Comentario guiado)

  • Plásmidos, su superenrollamiento y su análisis mediante electroforesis.
  • Digestión parcial de un plásmido usando enzimas de restricción y análisis electroforético.
  • Interpretación de los geles e introducción a la elaboración de un mapa de restricción.

Superenrollamiento del DNA

(Módulo de aprendizaje activo, nivel medio y avanzado)

y enlaces cruzados a material dentro de otras secciones de Biomodel.

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H.

Estructura del agua: enlaces de hidrógeno

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Enlaces en el agua y en el hielo.

Simulación de la condensación de moléculas de agua en una gotícula.

Simulación de la transición agua-hielo.

Incluye un modelo molecular animado, generado mediante minimización energética.

méritoEste módulo (v.1) se incluyó (en español y en inglés) en BioMolecular Explorer 3D, version 2, un sitio web y CD-ROM “diseñado para proporcionar a los profesores de biología en enseñanza secundaria un fácil acceso a estructuras tridimensionales interactivas de moléculas biológicamente relevantes”.

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I.

Temas diversos

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Radiactividad, ácido-base y oxidorreducción

Contenidos de los temas en forma de presentación, acompañados de actividades y ejercicios.

Elaborado en colaboración con la Universidad Nacional del Nordeste (Corrientes, Argentina)

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J.

Aplicaciones químicas

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Brico-moléculas: dibuja tu estructura y consigue el modelo tridimensional.

Incluye "Consigue estructuras tridimensionales a partir del nombre"

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L.

Laboratorios virtuales

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Simuladores de técnicas de laboratorio

  • Ejercicios de autoevaluación sobre procedimientos básicos de cálculo en el laboratorio: diluciones, conversión de unidades, absorbancia y concentración.
  • Simuladores de electroforesis
    • de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS (SDS-PAGE)
    • de proteínas séricas sobre acetato de celulosa
    • de isoenzimas de LDH sobre acetato de celulosa
    • de DNA en gel de agarosa
    • de DNA en gel de poliacrilamida para secuenciación
  • Laboratorio virtual de biología molecular
    • digestión de DNA con enzimas de restricción
    • análisis electroforético de los fragmentos
    • secuenciación de DNA por el método de didesoxinucleótidos
  • Simulador de espectros
    • de absorción ultravioleta de mezclas de proteínas y DNA
    • de dicroísmo circular de proteínas, en función de su estructura secundaria
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M.

Metabolismo

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Materiales diversos para ilustrar algunos aspectos del metabolismo.

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X.

Ejercicios de autoevaluación

1) de estereoisomería: véase más arribasubir

2) véase también “El Proyecto Biológico”subir

3) Preguntas, ejercicios y problemas, con respuestas y comentarios, correspondientes a las asignaturas de la Licenciatura en Farmacia, en la Universidad de Alcalá: Biología Molecular e Ingeniería Genéticavisitar y Bioquímica Clínica y Patología Molecular Humanavisitar.subir

Y.

Colección de enlaces para bioquímica y biología molecular

Mostrar (en una ventana nueva)

Enlaces a páginas web útiles para la enseñanza y el aprendizaje de la Bioquímica y Biología Molecular.
(Esta colección de enlaces es una parte del proyecto BioROM) subir

Z.

Protein Explorer en español

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Potente programa de uso sencillo para investigar la estructura de macromoléculas. Copyright © 2004 Eric Martz, traducido al español por Gabriel Pons (). subir

  

Ideas para el futuro:

Proteínas gigantes

Estructura de glúcidos

... ¿Alguna sugerencia?

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Esta es la página con explicaciones detalladas del sitio web "Biomodel", mantenido por
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Profesor Titular de Bioquímica y Biología Molecular
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, Universidad de Alcalá escudo UAH (Alcalá de Henares, Madrid, España)
Dirección principal: http://biomodel.uah.es


Mi "guía de estilo" en diseño web:

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"All browsers support the internet, and this internet site supports all browers" -Jacob Ozolins

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Algunas orientaciones:

Sistema operativo:

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Navegador de internet:

Recomendados: Firefox, Chrome. De todos modos, cualquier navegador moderno debe funcionar correctamente (PaleMoon, Seamonkey, Opera, Edge, Safari. Internet Explorer debería ser al menos la versión 9, preferiblemente la 11.
  Las páginas se prueban, bajo Windows, en la última versión disponible de Firefox. Se usa HTML5, JavaScript y hojas de estilo en cascada (CSS2, CSS3).

Resolución de pantalla:

Cualquiera dará resultados aceptables, aunque para algunas páginas 640×480 hará difícil la visualización. A partir de 800×600 no deberías tener ningún problema (lógicamente, a mayor resolución verás las páginas con mayor comodidad). En todo caso, el contenido se amoldará a la resolución y tamaño de letra que tengas.

Si tienes problema con alguna configuración concreta de navegador, sistema operativo, etc., me gustaría saberlo para intentar una solución; indica los detallas específicos: problema encontrado, página que falla, sistema operativo, versión del navegador...


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