La NADH deshidrogenasa (complejo I) es el único que no emplea FAD como coenzima, sino FMN (que también es un nucleótido de flavina).
La succinato deshidrogenasa interviene principalmente en el ciclo de Krebs, conectando el FADH2 producido con la cadena de transporte electrónico mitocondrial (es el complejo II).
Otras enzimas que utilizan FAD pueden también ceder protones y electrones a la ubiquinona:
La glicerol-3-fosfato deshidrogenasa de la membrana interna mitocondrial participa en el metabolismo del glicerol y en la lanzadera del glicerol-P.
Las acil-CoA deshidrogenasas intervienen en la β-oxidación de los ácidos grasos.