En la doble hélice el contacto de las bases con moléculas externas (necesario, por ejemplo, para el reconocimiento de la secuencia por parte de proteínas) puede tener lugar en dos hendiduras o Éstos tienen anchura y profundidad diferentes, por lo que se llaman .
La razón de que los surcos sean diferentes es la posición asimétrica de los C1' en el par de bases (pág. 42):
Puesto que cada par de bases gira con respecto al anterior, los surcos también giran describiendo sendas hélices.