A pH fisiológico, o grupo amino se encontra protonado (-NH3+) e o carboxilo sem protonar (-COO–).
As proteínas são compostas por 20 aminoácidos, nomeados naturais. Estes 20 aminoácidos se diferenciam na estrutura da cadeia lateral R. Conforme a natureza desta cadeia lateral podemos classificar os aminoácidos em 5 grupos:
| Alifáticos apolares |
| Polares sem carga |
| Aromáticos |
| Carregados positivamente (ou básicos) |
| Carregados negativamente (ou ácidos) |
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