1)

2)

.

O esqueleto proteico da gramicidina adopta uma estrutura secundária nomeada hélice beta 6-3, cujo interior permite o passo de moléculas de água dum lado a outro da bicamada: 1)  2)  3)  4)  5)  . Por isto, o dímero de gramicidina constitui um canal a través da membrana, que permite o passo de iões H⁺, K⁺ ou Na⁺ (efeito ionóforo). Os grupos hidrofílicos da gramidicina formam o canal, enquanto que os grupos hidrofóbicos (as cadeias laterais) se situam exteriormente, o qual permite-lhes interagir com as caudas dos ácidos gordos da membrana (também hidrofóbicas).
Fazemos um corte ou secção vertical a través do canal, mostrando a água interna: 1)  2)  3)  4)  5)  6)  7)  8)  9)  .
Voltamos a seccionar a través do canal, mostrando a água interna: 1)  2)  3)  .