A estabilidade da molécula de RNA aumenta muito se, de forma semelhante a como acontece com o DNA, as bases hidrofóbicas podem se ocultar do meio aquoso. Isto pode acontecer mediante formação de pontes de hidrogénio entre as bases complementares mas, diferentemente do DNA, ambas bases pertencem a  mesma cadeia de RNA.
Quer dizer, a cadeia se dobra sobre si mesma em zonas onde as sequências são parcialmente complementares, formando fragmentos curtos de dupla hélice:
Aqui vemos, como exemplo, a estrutura do RNA ribosómico 5S de Xenopus laevis (formado por 128 nucleotídeos). Outros RNAs são muito maiores e adoptam estruturas mais complexas.

No caso de rRNAs e tRNAs, é comum que grande parte da molécula apresente sequências complementares que permitem este tipo de dobramento.

Modelo espacial compacto.

Esqueleto (hidrofílico, polar) e bases (hidrofóbico, apolar).

Pode-se ver como algumas bases, ao não ter uma base complementar em frente, se voltam para o exterior da molécula.

Vejamos mais perto uma das hélices ou pontos onde a cadeia volta sobre si mesma, o extremo dum fragmento em dupla hélice:
1º) deter a rotação;
2º) ir carregando sucessivamente os botões seguintes

3º) reiniciar a rotação. Observe os pares de bases (enfrentadas no mesmo plano) e as bases da hélice, não emparelhadas.