Dois dinucleotídeos complementares emparelham as suas bases para formar um fragmento de B-DNA de duplo filamento:
5' pTpC 3' 3' ApGp 5'Os pares de bases situam-se paralelamente e no interior, as pentoses e fosfatos (esqueleto) no exterior.
Para poder emparelhar todas as bases mantendo as ligações fosfodiéster, cada par de bases se desloca com respeito ao anterior por um giro de aproximadamente 36°:
Vejamo-lo:
1º) deter a rotação; como?
2º) ir carregando sucessivamente os botões
seguintes para ir adicionando pares de bases, uma por uma
Se pode ver que o
décimo
par de bases ainda não
completa uma volta (em relação ao primeiro
), enquanto que o décimo primeiro
a supera. Neste modelo de Watson e Crick, ou forma B do DNA, a volta
de hélice ou passo de rosca corresponde aproximadamente a
10,5 pares de bases.
3º) antes de continuar, activar outra vez a rotação. como?
O resultado na molécula completa (polinucleotídeo) é a formação de uma dupla hélice dextrógira:
Unindo os átomos de fósforo com uma linha verde fictícia, para representar o esqueleto, se observa melhor a forma helicoidal:
Vista axial da molécula:
Para vê-lo melhor:
1º) deter a rotação; como?
2º) carregar aqui
3º) activar outra vez a rotação
como?
Ao girar, se pode apreciar que existe uma ligeira curvatura no eixo da dupla hélice: a estrutura real do DNA não é exactamente igual ao modelo de Watson e Crick.
Modelo espacial compacto com bases em rosa e esqueleto em verde: observam-se os dois sulcos, maior e menor.