Estrutura secundaria do DNA: Forma B ou modelo de Watson e Crick

Dois dinucleotídeos complementares  emparelham as suas bases para formar um fragmento de B-DNA de duplo filamento:

        5' pTpC  3'
        3'  ApGp 5'
Os pares de bases situam-se paralelamente e no interior, as pentoses e fosfatos (esqueleto) no exterior.
Ver cada nucleotídeo numa cor:
A T C

Para poder emparelhar todas as bases mantendo as ligações fosfodiéster, cada par de bases se desloca com respeito ao anterior por um giro de aproximadamente 36°:

Vejamo-lo:
1º) deter a rotação;    como?
2º) ir carregando sucessivamente os botões seguintes para ir adicionando pares de bases, uma por uma

Se pode ver que o décimo par de bases ainda não completa uma volta (em relação ao primeiro ), enquanto que o décimo primeiro a supera. Neste modelo de Watson e Crick, ou forma B do DNA, a volta de hélice ou passo de rosca corresponde aproximadamente a 10,5 pares de bases.

3º) antes de continuar, activar outra vez a rotação.    como

O resultado na molécula completa (polinucleotídeo)  é a formação de uma dupla hélice dextrógira:

Unindo os átomos de fósforo com uma linha verde fictícia, para representar o esqueleto, se observa melhor a forma helicoidal:

Vista axial da molécula:
Para vê-lo melhor:
1º) deter a rotação;    como?
2º) carregar aqui 
3º) activar outra vez a rotação    como?

Ao girar, se pode apreciar que existe uma ligeira curvatura no eixo da dupla hélice: a estrutura real do DNA não é exactamente igual ao modelo de Watson e Crick.

Modelo espacial compacto  com bases em rosa e esqueleto em verde: observam-se os dois sulcos, maior e menor.


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