La apoA-IV tiene 346 residuos de aminoácidos (46 kDa); se trata de una proteína que se une a lípidos y que se expresa mayoritariamente en el intestino delgado donde se incorpora a los quilomicrones nacientes, después se disocia de la superficie de los quilomicrones remanentes y, aunque puede asociarse a otras lipoproteínas (HDL, VLDL), suele circular como una proteína libre de lípidos.
La apoA-IV participa en la absorción intestinal de los lípidos de la dieta pero igualmente se relaciona con: regulación de la ingesta alimentaria, motilidad gastrointestinal, protección contra la oxidación lipídica y la aterosclerosis y también puede reproducir funciones de la apoA-I como la salida de colesterol de las células (cholesterol efflux) y la activación de la LCAT.
La apoA-IV comparte características con otras apoproteínas intercambiables, especialmente con apoA-I y apoE. La estructura primaria de estas proteínas incluye varias repeticiones de 22 aminoácidos que forman hélices α que son responsables de la asociación con lípidos. La apoA-IV contiene al menos doce de esas repeticiones separadas por residuos de Pro, sin embargo, la mayoría de sus repeticiones son más hidrófilas que las hélices de apoA-I y apoE lo que hace de la apoA-IV la más polar de las apoproteínas intercambiables; en consecuencia, sus hélices se asocian menos con los lípidos y esto explica por qué hay una proporción importante de apoA-IV libre en el plasma humano.
Parece que la estructura de la apoA-IV se corresponde con la de las apoproteínas intercambiables apoA-I y apoE con dos dominios funcionales, el N- y el C-terminal pero con particularidades. El N-terminal es bastante similar al de apoA-I y apoE pero el C-terminal carece de la zona de unión a lípidos y del dominio que promueve la salida de colesterol; además la región C-terminal 333-376 contiene una secuencia rica en Gln y Glu que puede permitir a la apoA-IV llevar a cabo funciones distintas a las de las otras apoproteínas.
El gen de la apoA-IV humana se localiza en el brazo largo del cromosoma 11, en el mismo complejo de 15 kb que los genes de apoA-I y apoC-III. Se piensa que el gen de la apoA-IV procede de la duplicación intraexónica del gen de la apoA-I.
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