En la ß-oxidación
mitocondrial
las enzimas actúan en el extremo donde está el grupo carboxilo del
ácido graso
pero hay una
vía, aunque minoritaria, en la que la
oxidación se produce en el extremo ω de los ácidos
grasos. 
Las enzimas que llevan a cabo
este proceso se localizan en el retículo
endoplásmico
de hígado y
riñón y
actúan preferentemente sobre ácidos grasos de 10-12 carbonos. Fallos
que afecten a la ß-oxidación pueden favorecer una mayor
tasa de ω-oxidación.
El primer paso de la ω-oxidación es la introducción de un grupo hidroxilo en el carbono ω; el oxígeno del hidroxilo procede directamente del oxígeno molecular y la reacción, que cataliza una oxidasa de función mixta, también necesita de la participación de NADPH y del citocromo-P450.
En la segunda reacción, sobre el alcohol generado actúa una alcohol deshidrogenasa que oxida el grupo hidroxilo a carbonilo; el NAD+ es el aceptor de electrones.
Una aldehído
deshidrogenasa oxidará después el grupo carbonilo a
carboxilo (con el NAD+ como aceptor de
electrones)
produciendo así un ácido graso dicarboxílico que puede unir coenzima A
en cada uno de los grupos carboxilo, pasar a la mitocondria y entrar en
la ß-oxidación "normal" para dar derivados también
dicarboxílicos: succinato,
que puede incorporarse al ciclo de Krebs, y adipato (ver estructuras).
Aunque la ω-oxidación es
una vía minoritaria del metabolismo de los ácidos grasos, es útil para
hacer más hidrosolubles, y más fácilmente
excretables, moléculas con largas cadenas alquílicas.
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