4.- Guardar los resultados

Archivos autónomos para usar con la aplicación Jmol

• Jmol.jar   (la aplicación Jmol)
• archivo .jmol “todo en uno” (fácil, fácil☺)
• archivo .pngj “todo en uno” (chulo)
• Alternativa (tradicional):
  • archivo de la molécula (.pdb, .mol, ...)
  • guión o guión de estado (archivo de texto con las instrucciones para reproducir la escena)

Páginas web fáciles con el módulo Exportar a Web incluido en Jmol

Guía en biomodel.uah.es/Jmol/exporta_a_web/

Suplemento de mi libro (lulu.com, 1,80€ descarga pdf)

Nos genera una página con los modelos elegidos en Jmol.

Precauciones:

• Debe iniciarse Jmol.jar desde la carpeta completa que se extrae del archivo zip descargado. (De ese modo, el módulo Exportar a Web podrá encontrar los archivos que necesita copiar)
• El modelo debe estar grabado en el disco local (la página no funcionará si se ha obtenido directamente desde una base de datos; puedes usar el menú contextual Archivo > Guardar copia de... y luego menú superior Archivo > Abrir para cargarlo limpiamente).
• Rutas de archivo

Luego sólo queda editar la página generada para ponerle títulos, texto... Se puede hacer con un editor de texto (tipo Bloc de Notas) pero es delicado; es más recomendable usar un editor de páginas web (editor html); recomendable: KompoZer v.0.7 o Mozilla Composer (que forma parte de SeaMonkey).