17.10 Estructura tridimensional de antibióticos inhibidores de la transcripción
Antibióticos de tipo I
rifampicina · estreptolidigina · amanitina
Antibióticos de tipo II
actinomicina D · naranja de acridina · daunomicina · adriamicina
Véanse también otros intercalantes (aunque no se usan como antibióticos).
Antibióticos de tipo III
Aminocumarinas: novobiocina · clorobiocina · cumermicina A1
Quinolonas: ácido nalidíxico · norfloxacina · ciprofloxacina
Puede observarse la rifampicina unida a la RNApol.
Puede observarse la estreptolidigina unida a la RNApol.
Puede observarse la actinomicina D unida al DNA. El sistema aromático de fenoxazona se introduce en la molécula de DNA, al intercalarse entre los pares de bases apilados, mientras que los dos péptidos cíclicos ocupan el surco menor.
Véase también pág. 130.
Puede observarse la daunomicina unida al DNA.
El núcleo aromático se intercala entre los pares de bases apilados, mientras que el resto de la molécula se sitúa en el surco menor.
La novobiocina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa. Puede observarse unida a la girasa.
La clorobiocina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa.
La cumermicina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa.
El ácido nalidíxico estabiliza el complejo intermediario entre el DNA y la topoisomerasa, bloqueando ésta.
Su mecanismo de acción es similar al de otras quinolonas, como la ciprofloxacina.
La norfloxacina estabiliza el complejo intermediario entre el DNA y la topoisomerasa, bloqueando ésta.
Su mecanismo de acción es similar al de otras quinolonas, como la ciprofloxacina.
Puede observarse la ciprofloxacina unida al DNA en complejo con la DNA girasa.
La ciprofloxacina, como otras quinolonas, se une a las mellas creadas transitoriamente en el DNA por la topoisonerasa e impide que se complete la reacción (resellado de las mellas tras pasar la otra cadena de DNA a través de la abertura creada), quedando el DNA bloqueado en su unión a la enzima e impidiendo el cambio de superenrollamiento.
La ciprofloxacina, como otras quinolonas, se une a las mellas creadas transitoriamente en el DNA por la topoisonerasa e impide que se complete la reacción (resellado de las mellas tras pasar la otra cadena de DNA a través de la abertura creada), quedando el DNA bloqueado en su unión a la enzima e impidiendo el cambio de superenrollamiento.
Referencias para las estructuras:
- Rifampicina obtenida de su complejo con la RNA polimerasa de la bacteria Thermus aquaticus (1YNN.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb1ynn/pdb
- Estreptolidigina obtenida de su complejo con la RNA polimerasa de la bacteria Thermus thermophilus (2A6H.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb2a6h/pdb
- Amanitina obtenida de su complejo con la RNA polimerasa II de la levadura Saccharomyces cerevisiae (3CQZ.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb3cqz/pdb
- Actinomicina D obtenida de su complejo con DNA (1DSD.pdb, RMN en disolución) doi:10.2210/pdb1dsd/pdb
- Naranja de acridina generada por Chemical Identifier Resolver, http://cactus.nci.nih.gov/
- Daunomicina obtenida de su complejo con DNA (1VTH.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb1vth/pdb
- Adriamicina obtenida de su complejo con DNA (1P20.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb1p20/pdb
- Novobiocina obtenida de su complejo con el dominio 43K ATPasa de la subunidad B de la girasa de la bacteria Thermus thermophilus (1KIJ.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb1kij/pdb
- Clorobiocina obtenida de su complejo con el dominio N-terminal (24 kDa) de la subunidad B de la girasa de la bacteria Escherichia coli (1KZN.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb1kzn/pdb
- Cumermicina A1 generada por Corina (Molecular Networks GmbH) a partir de la notación SMILES de PubChem CID 11788085
- Ácido nalidíxico obtenido de su complejo con DNA (2BQ2.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb2bq2/pdb
- Norfloxacina generada por Chemical Identifier Resolver, http://cactus.nci.nih.gov/
- Ciprofloxacina obtenida de su complejo con DNA y con la girasa de Staphylococcus aureus (2XCT.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb2xct/pdb