12.1 Variación de la temperatura de fusión del DNA dependiendo de su composición y de otros factores
Curvas de desnaturalización del DNA
La gráfica de la izquierda muestra la correlación entre la temperatura de fusión del DNA de distintas especies y su composición (contenido en G+C).
Al pulsar sobre los círculos negros, se mostrará la correspondiente curva de desnaturalización a la derecha.
 |
...%(G+C) Tm = ... |
Tm 
|
Influencia de la composición de bases
Teniendo en cuenta esta correlación, se han desarrollado fórmulas empíricas que permiten predecir la temperatura de fusión de un DNA a partir de su composición en los 4 nucleótidos, así como de otros parámetros como la concentración de sales. Por ejemplo:
Para oligonucleótidos cortos (por debajo de 20 nt): rellene los datos
- secuencia de una hebra del DNA:
- calcular Tm = ...
Para oligonucleótidos largos: rellene los datos
- secuencia de una hebra del DNA:
- concentración de Na+: mol · L−1
- concentración de formamida % (v/v)
- calcular Tm = ...
Ejercicio: ¿Cuánto aumentaría la temperatura de fusión de un DNA bicatenario cuya secuencia es AAACTTACCGATATCTGT si se sustituyera la mitad de las timinas por citosinas?
Respuesta: °C verificar
Ejercicio: ¿Cuánta formamida es preciso añadir para evitar que se reasocien a 65°C las dos hebras de un DNA con secuencia
ATAGCACCGGGGCCATAGCACCGGGGCCATAGCACCGGGGCC, en un medio con 0.15M de NaCl?
Respuesta: % verificar
Advertencia: estas calculadoras se han simplificado con fines didácticos y, por ello, no deben usarse con propósitos aplicados; existen limitaciones que aquí no se indican y fórmulas de cálculo más completas.
Referencias:
- Cálculo de temperaturas de fusión: Wallace et al. (1979) doi:10.1093/nar/6.11.3543; Howley et al. (1979) J. Biol. Chem. 254: 4876; reseñados en Melting Temperature Technical Bulletin (Sigma Genosys).