5.6 Horquillas en los ácidos nucleicos

Realmente, la horquilla sin bucle (pág. 54)
no puede existir estrictamente, pues la flexión de la cadena de DNA en el centro de simetría del palíndromo no es compatible con el emparejamiento de todas las bases. Siempre habrá al menos dos bases en el centro del palíndromo que no estén emparejadas, aunque sean complementarias.

Por ello, lo mejor es examinar las estructuras conocidas de horquillas reales.

Horquilla de 20 nt, con 16 nt emparejados (8 pb) y 4 nt formando el giro (desemparejados). Es un fragmento de 24 nt, parte de una molécula de RNA con 128 nt en total.
5' GCCUGAUCUCGU
3' AAGACUCUAGUC

Horquilla de 17 nt, con un tallo de 5 pb y un bucle de 7 nt. Es un fragmento de 19 nt, parte de una molécula de RNA con 76 nt en total.
5' GCCAGACUGA
3' AGGUCUAGA

Referencias:

• Estructura del RNA ribosómico 5S de la rana Xenopus laevis (1RRN.pdb, modelo computacional) .
• Estructura del RNA transferente para fenilalanina, de la levadura Saccharomyces cerevisiae (4TNA.pdb, difracción de rayos X) doi:10.2210/pdb4tna/pdb