5.9 Estructura de los motivos homeodominio

Aunque muchas proteínas con homeodominios actúan también en forma de homodímeros, vemos aquí un ejemplo de heteodímero, formado por sendas subunidades de proteínas similares de levadura, MAT α-2 y MAT a-1. Cada subunidad posee un motivo ligante de DNA, del tipo homeodominio.

Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de DNA y 2 motivos en la  proteína dimérica.

la estructura que es común con otras proteínas, y por ello se llama motivo; éste consta de:

  1. un motivo de tipo hélice-giro-hélice que contacta con el surco mayor del DNA (dos tramos en hélice alfa separados por un corto tramo sin estructura secundaria);
  2. una tercera hélice, externa al DNA;
  3. un tramo sin estructura secundaria definida que interacciona con el DNA en el surco menor.

Ejercicio: tras los motivos, identifique cada parte de la molécula y señale el color con el que se ha representado en el modelo:

Hélice de reconocimiento

(Pulse sobre un recuadro coloreado para asignar ese color al elemento descrito a su derecha)
Cuando acabe, verifique sus respuestas

Giro
Segunda hélice (en contacto con la 1ª)
Tercera hélice (externa)
Tramo contactando el surco menor
 

Estos tres componentes dan nombre al motivo. Además de ellos, cada proteína en particular posee otras regiones que forman el resto de la molécula, no mostradas.

El estrecho contacto entre proteína y DNA se aprecia mejor al el modelo con todos sus átomos en esferas.

Las proteínas que se unen al DNA formando dímeros, como es este caso, a menudo fuerzan al hacerlo una en la cadena de DNA. Tal deformación local es uno de los elementos que intervienen en la regulación de la expresión génica (facilitando, por ejemplo, la separaión de las hebras en esa zona para que comience la transcripción).

Referencias: