En todas las conformaciones de doble hélice conocidas para los ácidos nucleicos, las bases, parte variable de la molécula que diferencia unas de otras y define la secuencia, se colocan en el interior de la hélice, alejadas del disolvente, mientras que el “esqueleto” queda orientado al exterior.
Los pares de son coplanares, paralelos entre sí y perpendiculares al eje de la hélice.
Las se disponen apiladas en el centro de la hélice (pág. 44).
| esqueleto | fosfatos | polar cargada | |||
| pentosas | polar no cargada | ||||
| bases | bases | apolar |
según la carga de los átomos (−0.81 +1.26).
Las bases apenas poseen carga y son poco polares, por lo que su aislamiento del disolvente acuoso (efecto hidrófobo, pág. 44) es termodinámicamente favorable y supone una contribución importante a la estabilidad de la doble hélice.
Referencias: