Las flechas dibujadas en el modelo señalan la dirección desde el O 5´ hacia el O 3´ de cada nucleótido.
Colores:
Obsérvese la orientación opuesta de ambas hebras. Se dice que son antiparalelas.
Como se ve, la secuencia es completamente distinta en ambas hebras*, tanto leídas en el mismo sentido como en sentidos opuestos. Además, sólo son complementarias si se leen en distinto sentido: una de 5´a 3´ y la otra de 3´ a 5´ (es decir, en contra del convenio establecido para dar la secuencia de una cadena de ácido nucleico). La propiedad de complementariedad va íntimamente ligada a la de antiparalelismo.
* Nota: como excepción, las secuencias de ambas hebras son iguales en las regiones de DNA palindrómicas (pág. 51).