La técnica de velocidad de sedimentación (o centrifugación zonal) separa las moléculas de acuerdo a su coeficiente de sedimentación. Usa gradientes de densidad preformados (continuos o escalonados), en los que los componentes de la muestra avanzan a distintas velocidades, hasta que se detiene la centrifugación. La técnica de equilibrio de sedimentación (o centrifugación isopícnica) separa de acuerdo a la densidad exclusivamente; también usa gradientes, pero de mayor densidad máxima y la centrifugación se prolonga hasta que los componentes de la muestra alcanzan una posición estable, resultante del equilibrio entre la fuerza de sedimentación y la de flotación; generalmente usa gradientes continuos (preformados o autoformados).
En ambas se puede usar sacarosa; combinando disoluciones de distinta concentración se consigue formar el gradiente de densidad. Sin embargo, es más común para la zonal que para la isopícnica, en la que se usan compuestos de mayor densidad.
Las disoluciones de cloruro de cesio, por su elevada densidad, son el medio habitual para generar gradientes continuos de densidad para la centrifugación isopícnica o de equilibrio de sedimentación.
No, en la isopícnica se separa sólo por densidad, mientras que en la de velocidad o zonal el parámetro es el coeficiente de sedimentación (s) que depende también de forma y tamaño. La de equilibrio es más adecuada para separar macromoléculas con diferencias muy sutiles. La de velocidad es más rápida.