Os modelos moleculares procedem da base de dados Protein Data Bank, onde se centralizam internacionalmente as estruturas de proteínas e ácidos nucleicos, determinadas por estudos de RMN ou de cristalografía de raios X. Também tem estruturas na Nucleic Acid Database. Estes arquivos PDB, disponíveis por a Internet, são lidos pelo programa Rasmol (disponível de forma gratuita na Internet), que os transforma em modelos tridimensionais que se  fazem girar, mudar o tipo de representação, cores, etc. Os arquivos scripts gerados desde Rasmol podem ser lidos por Chime (também gratuito), que os apresenta dentro duma página web.

Endereços web: 

Rasmol:

Página principal em Univ. Massachusetts (programa, informação e aplicações):

  http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html

Descarga directa do programa:

Desde as páginas da Univ. de Massachussetts (acima)
o desde a Univ. de Edimburgo (mais rápido), em:
  http://www.dcs.ed.ac.uk/home/rasmol/
( ler INSTALL e depois descarregar raswin.exe ou raswin32.exe, e ademais rasmol.hlp e raswin.hlp )

Chime:

Página principal em Univ. Massachusetts (informação e aplicações):

http://www.umass.edu/microbio/chime/index.html

Página principal em MDL (casa comercial proprietária do programa):

http://www.mdlchime.com/chime/

  Se necessitas a versão para Windows 3.1, escreve-me.

Protein Data Bank (antes Brookhaven, agora RCSB) :

Página principal em EE.UU.:   http://www.rcsb.org/pdb

Duplicados em Europa (recomendável, muito mais rápidos):

  1. no Reino Unido (Cambridge):  http://pdb.ccdc.cam.ac.uk/pdb/

Buscadores em PDB:

Procura simples, só por código PDB: "PDBsum": http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum

Procura simples: "PDB Lite":    página principal de informação:    http://www.pdblite.org/
                                                    páginas de procura:
                                                         em Boston Univ. (USA):    http://www.pdb.bu.edu/oca-bin/pdblite
                                                         em Cambridge (UK):  http://pdb.ccdc.cam.ac.uk/oca-bin/pdblite
                                                      ou em EBI (UK):   http://oca.ebi.ac.uk/oca-bin/pdblite
                              "PDB SearchLite" em RCSB (USA):   http://www.rcsb.org/pdb/searchlite.html

Procura avançada: "OCA Browser":
                                                        em EBI (UK):  http://oca.ebi.ac.uk/oca-bin/ocamain
                                                        em Cambridge (UK):  http://pdb.ccdc.cam.ac.uk/oca/

Nucleic Acid Database:

em USA (Rutgers Univ., New Jersey):  http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/
no Reino Unido (Inst. Cancer Research):  http://www.ndb.icr.ac.uk/

Páginas da Universidade de Massachusetts nas quais se baseiam estas páginas de modelos moleculares de Biomodel:

http://www.umass.edu/microbio/chime/prsswc/template.htm


Ligações verificadas em  8 de maio de 2002.