Guía técnica para Biomodel-3:
requisitos, hardware, software, configuración

El formato elegido para elaborar este material es el de página web. Las razones para ello son:

• permite situar los modelos moleculares tridimensionales e interactivos dentro de un entorno donde se presentan, se explican y se interacciona con ellos sin necesidad de conocer un programa nuevo ni un lenguaje de instrucciones;
• permite utilizar el material tanto en modo local* como a través de una red local o de internet;
• el mismo material puede usarse bajo distintos sistemas operativos.

Más concretamente, se utiliza HTML dinámico con JavaScript y un objeto Jmol (bien una miniaplicación o applet escrita en lenguaje Java, bien un objeto canvas HTML5) incrustado en la página web. Toda la tecnología es del lado cliente.

(*) En esta versión es posible que el uso en modo local sea inviable, debido a restricciones de Java o incluso de la variedad sin Java.

Hardware

Se requiere un ordenador personal, de tipo PC-compatible o Macintosh, o bien una tableta o incluso un teléfono. El material debe utilizarse preferentemente a través de la red. Aunque no está garantizado, es posible que funcione desde el disco duro*, desde un CD-ROM* u otro dispositivo de almacenamiento extraíble*.

El material puede usarse con cualquier resolución de pantalla.

Software

• Para la modalidad con Java, se puede usar como sistema operativo Microsoft Windows, MacOS o Linux. La versión puede ser cualquiera, con tal que admita la instalación de Java.
• Para la modalidad sin Java, se puede usar cualquier sistema operativo Windows, MacOS, Linux, iOS o Android.
• Se requiere un navegador de páginas web moderno con soporte HTML5 y con JavaScript activado. En concreto, Internet Explorer debe ser al menos la versión 9 para la modalidad sin Java.
• Se debe haber instalado sobre el navegador la “Máquina Virtual de Java” (JVM o Java Plugin). Es muy conveniente que la versión de Java esté actualizada (1.7.0_51 o superior, http://www.java.com). Al cargar las páginas del material deberá aceptarse la ejecución firmada por un certificado de 'Integrated Graphics'.

Términos de uso

La miniaplicación, Jmol v. 14.1, es gratuita y de código abierto, con licencia GNU-LGPL (información en http://www.jmol.org y en los archivos Jmol_copyright.txt y Jmol_license.txt incluidos en el material). No es necesaria su instalación, sino que sus archivos se incluyen como parte del material y son leídos por el navegador al cargar las páginas.

Los archivos de coordenadas moleculares con los que se construyen los modelos han sido preparados por el autor, empleando programas gratuitos, o proceden de fuentes públicas de libre acceso, como la base de datos Protein Databank (http://www.pdb.org).

El conjunto Biomodel-3 se ofrece bajo una licencia Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual 3.0 de Creative Commons; brevemente, esto significa que se puede usar, copiar y distribuir siempre que se reconozca la autoría original, no se cobre nada por él y, si se modifica, el nuevo material se ofrezca bajo las mismas condiciones. Los términos precisos de esta licencia están descritos en http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ y en el archivo Jmol_license.txt incluido en el material.