Vemos aquí el tRNAGln unido a la glutaminil-tRNA sintetasa (específica para él) (este modelo contiene sólo el esqueleto de ambas cadenas, es decir, los átomos de fósforo del RNA y los carbonos alfa de la proteína; puede verse esto cambiando la representación a Estilo > Patrón > Esferas).
Obsérvese cómo la sintetasa contacta especialmente con el extremo 3' del tRNA (donde se une el aminoácido) y con el lazo del anticodón. Esto permite a la enzima reconocer únicamente un aminoácido y un tRNA, estableciendo así la especificidad aminoácido-anticodón. Se dice por ello que las aminoacil-tRNA sintetasas son "el segundo código genético".
En este caso, el tRNAAsp unido a su correspondiente aspartil-tRNA sintetasa. (Este modelo sí incluye todos los átomos, por eso es más lento)
por estructura secundaria:
espacial compacto.