Ángulos diedros en las proteínas: ϕ y ψ

El modelo mostrado a la derecha es un tripéptido (Trp34–Glu35–Ser36 como parte de la proteína lisozima). Esta página ilustra el significado de los ángulos fi (ϕ) y psi (ψ), ambos alrededor del carbono alfa del residuo central (Glu35).

Primero pongamos a los átomos:

  • carbonos alfa
  • carbonos carboxílicos
  • carbonos de las cadenas laterales
  • nitrógeno
  • oxígeno
  • hidrógeno
  • enlaces peptidicos

etiquetas en átomos cadenas lateraless

es el ángulo entre los planos que se muestran como (1) y (2)
es el ángulo entre los planos que se muestran como (3) y (4)
(los planos 2 y 3 coinciden)

Se pueden mostrar cilindros de color fucsia donde los átomos vecinos colisionan (y, en consecuencia, para esos valores de ϕ y ψ la conformación es desfavorable).

A continuación puedes comenzar a observar el efecto de cambiar uno de los dos ángulos —pero no ambos a la vez, por lo que debes antes elegir una de las dos opciones en estos botones de tipo radio y esperar a que el modelo se cargue:

Hecho eso, puedes reproducir una animación que cambia el ángulo elegido mediante un giro continuo, o bien usar el control deslizante o los botones para avanzar manualmente por valores discretos de ese ángulo.

Rotación continua:

Cambio manual, paso a paso:

Tamaño de este panel:

Para profundizar más: