A partir de una muestra de proteína (internamente, de su secuencia de aminoácidos) predice la ruptura proteolítica con una proteasa, generando un patrón de fragmentos de digestión.
Calcula para cada fragmento diversos parámetros, como la composición de aminoácidos, la masa molecular, la carga a un pH determinado, el punto isoelélectrico y la hidrofobia.
También representa de forma gráfica el mapa peptídico bidimensional (separación de los fragmentos por electroforesis en una dimensión y por cromatografía en la otra). Para ello, calcula las movilidades electroforética y cromatográfica de los péptidos sobre una capa fina de celulosa, en condiciones similares a las descritas por Hunter et al.
Para simular la fragmentación proteolítica, es posible elegir entre varias enzimas y reactivos:
| enzima o reactivo | diana de corte |
|---|---|
| Elastasa | tras residuos pequeños neutros (Ala, Ser, Gly, Val), excepto si van seguidos de Pro |
| Endoproteinasa Arg-C | tras Arg |
| Endoproteinasa Asp-N | delante de Asp |
| Endoproteinasa Glu-C | tras Glu |
| Endoproteinasa Lys-C | tras Lys |
| Pepsina | delante de residuos voluminosos (Phe, Tyr, Trp, Leu), excepto si van seguidos de Pro |
| Prolil-endopeptidasa | tras Pro |
| Proteasa de Myxobacter | tras Lys |
| Proteasa V8 de estafilococo | tras residuos ácidos (Asp, Glu) |
| Quimotripsina | tras residuos aromáticos (Phe, Trp, Tyr, Leu), excepto si van seguidos de Pro |
| Termolisina | delante de residuos voluminosos (Leu, Val, Ile, Phe, Met) |
| Tripsina | tras residuos básicos (Lys, Arg), excepto si van seguidos de Pro |
| Trombina | tras Arg |
| Bromuro de cianógeno | tras Met |
| Cloramina T | tras Trp |
| Hidroxilamina | enlaces entre Asn y Gly |
| 2-Nitro-5-tiocianobenzoato + Ni | delante de Cys |
| pH=2,5 (fórmico 88%) | enlaces entre Asp y Pro |
| 2-Yodosobenzoato | tras Trp |
El mapa peptídico, también llamado "huella dactilar" de la proteína (fingerprint), se consigue mediante un método bidimensional de separación de los péptidos en un soporte de capa fina.
La digestión de la proteína problema con una proteasa (elegida de la lista proporcionada) rinde una mezcla de péptidos (fragmentos), que es la muestra que se somete a análisis.
En este caso, el soporte o medio para la separación es una capa fina (TLC) de celulosa microcristalina.
En la primera dimensión, la mezcla de péptidos se somete a electroforesis. La movilidad electroforética es proporcional a la carga eléctrica e inversamente proporcional a la masa molecular.
Se puede elegir el pH del medio, que determinará la carga eléctrica y, por tanto, la movilidad de los péptidos durante la electroforesis.
Las condiciones habituales son
También es posible elegir un pH cualquiera.
En la segunda dimensión, la mezcla de péptidos ya separada por electroforesis se somete a cromatografía. La fase estacionaria es la celulosa (polar) y la fase móvil una mezcla más o menos hidrófoba de disolventes orgánicos, por lo que el mecanismo de separación es fundamentalmente de reparto. Los péptidos más hidrófobos se desplazan más rápidamente que los más polares.
Se ofrece una opción entre tres fases móviles: