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Isoenzimas de la LDH:
¿cuál es la propiedad que permite su separación?
Carga de la proteína y punto isoeléctrico

Ambos polipéptidos, "A" o "M" y "B" o "H", son muy parecidos en su estructura, pero tienen algunas diferencias de secuencia:

Con fondo negro se marcan los residuos aminoácidos coincidentes; con fondo ocre, los aminoácidos similares; con fondo blanco, los diferentes.

Como consecuencia, sus propiedades fisicoquímicas son un poco diferentes, entre ellas su punto isoeléctrico y su carga eléctrica.

Representemos ahora sólo los puntos donde difieren ambas secuencias; arriba: LDH_A, abajo: LDH_B. Sombreados en rojo los residuos aminoácidos que probablemente tengan carga negativa a pH fisiológico, y en azul los de carga positiva.
DQ⋯YNLLK⋯Q⋯Q⋯A⋯M⋯D⋯I⋯R⋯SG⋯N⋯L⋯II⋯A⋯I⋯NV⋯N⋯KLLI⋯A⋯I⋯F⋯N⋯G⋯R⋯V⋯L⋯V⋯P⋯M⋯KT⋯H⋯DL⋯K⋯K⋯Q⋯Q⋯S⋯A⋯IM⋯R⋯V⋯I⋯L⋯KDD⋯V⋯GQN⋯ISDLVKVT⋯TSE⋯E⋯R⋯G⋯E⋯QF
EK⋯APVAE⋯A⋯N⋯Q⋯G⋯S⋯L⋯Q⋯AD⋯S⋯I⋯VV⋯V⋯V⋯QI⋯D⋯IIIV⋯T⋯L⋯L⋯H⋯A⋯K⋯I⋯S⋯I⋯A⋯V⋯QE⋯N⋯EM⋯N⋯S⋯N⋯M⋯N⋯I⋯ML⋯S⋯I⋯V⋯M⋯ENE⋯L⋯NAR⋯LTSVINQK⋯KDD⋯V⋯Q⋯D⋯D⋯KDL

Puede observarse que la secuencia de la isoforma A tiene mayor número de residuos con carga positiva y la B más con carga negativa. Por ello, la carga de B será más negativa que la de A y los tetrámeros de LDH se moverán más rápido hacia el ánodo cuanto más subunidades B tengan.

Es decir, en orden de movilidad decreciente hacia el ánodo: B4 > AB3 > A2B2 > A3B > A4
que es lo mismo que H4 > MH3 > M2H2 > M3H > M4
o LDH-1 > LDH-2> LDH-3 > LDH-4

Para verificar esta deducción, a falta de una determinación experimental de los valores del punto isoeléctrico de cada isoforma, podemos acudir a la predicción computacional, basada en las propiedades conocidas de cada aminoácido cuando forma parte de una proteína:

Comprobamos así que B tiene menor pI, es más negativa que A para un mismo pH.

Angel Herráez. Parte de la sede web Biomodel.uah.es
Las secuencias se obtuvieron en UniProtKB; se calculó el alineamiento en T-Coffee y se representó usando BoxShade (ExPASy).