Tamaño comparado de proteínas.
Presentación y ayuda.

Proteínas disponibles

La página ofrece una selección de proteínas como ejemplo, en los menús desplegables. Se puede cargar cualquiera de ellas tanto en el panel del lado izquierdo como en el derecho.

Los modelos estructurales se muestran a una misma escala, en formato de esferas o relleno para dar una mejor idea del volumen de la molécula. Los modelos se pueden rotar a voluntad en 3D usando el ratón o el dedo. También es posible utilizar el menú contextual de Jmol si se quiere modificar el estilo de representación. El aumento o reducción del tamaño está desactivado debido a requisitos técnicos para poder mostrar ambos modelos a la misma escala, objetivo principal de esta página. Es posible acercar o alejar ambos modelos a la vez empleando la fila de botones situada bajo los modelos.

Se puede cargar la estructura de cualquier otra proteína que esté disponible en Protein Data Bank escribiendo en la caja de texto su identificador PDB de 4 caracteres y pulsando el botón. Téngase en cuenta que en este caso los valores mostrados para la masa molecular y el número de residuos aminoácidos podría ser inexacto o incluso incorrecto, puesto que se calculan a partir de información del modelo (la numeración de los residuos puede tener brechas o duplicidades, y la masa de los átomos de hidrógeno se estima de forma grosera puesto que los resultados de rayos X no los incluyen).

Requisitos del sistema

• La página debería funcionar en cualquier tipo de ordenador con un navegador moderno. Internet Explorer debe ser la versión 9 o posterior (aunque IE7 e IE8 puede que funcionen en la modalidad Java de Jmol).
• La página debe funcionar en dispositivos móviles como tabletas y teléfonos, siempre que usen un navegador que admita HTML5. Ten en cuenta que la potencia del dispositivo y del navegador es limitante para la agilidad de respuesta, en especial con las proteínas más grandes.
• La página se puede cargar en una de dos modalidades: usando Java o sin él. La modalidad sin Java funcionará en cualquier dispositivo que admita HTML5, mientras que la modalidad con Java es más ágil pero requiere un ordenador con el software Java instalado y activado en el navegador.
  • Java se considera una plataforma de software potencialmente dañina y puede por ello no estar permitida en ciertos sistemas o instituciones, o puedes preferir personalmente no utilizarla. Podemos asegurarte que Jmol no causará ningún perjuicio en tu sistema, pero es tu decisión confiar en ello. Normalmente recibirás una o varias alertas cuando intentes cargar la página, y es preciso aceptarlas para que se muestren los contenidos de la página.
  • En tabletas y otros dispositivos móviles la página utilizará por defecto la modalidad sin Java (pues estos sistemas normalmente son incompatibles con Java).
  • En ordenadores (Windows, MacOS o Linux) la página cargará de forma predeterminada la modalidad Java. Puedes cambiar a la modalidad sin Java usando el enlace que hay al pie de la página, o bien añadiendo un parámetro a la dirección URL (según se explica más abajo).

Elección de la modalidad de Jmol

Como se describe más arriba, la página puede ejecutarse en modalidad Java (usando miniaplicaciones Jmol) o en modalidad sin Java, HTML5 o JavaScript (JSmol). La modalidad por defecto depende de la detección del sistema que se está usando, pero puede forzarse mediante los enlaces a pie de página o bien añadiendo una opción a la dirección url (use=HTML5 o bien use=Java).

Idioma de la interfaz

La página se ha preparado en inglés y español (es posible añadir otros idiomas con facilidad; contacta con el autor si estás interesado). De modo predeterminado se utiliza el idioma detectado en el sistema. Es posible forzar otro idioma añadiendo una opción a la dirección url (lang=en o bien lang=es).

Ejemplos:
http://biomodel.uah.es/en/scale/?lang=en
http://biomodel.uah.es/en/scale/?use=HTML5
http://biomodel.uah.es/en/scale/?use=Java
http://biomodel.uah.es/en/scale/?use=HTML5&lang=en
http://biomodel.uah.es/en/scale/?lang=es&use=Java