DNA- & RNA-kodon

Strängar och syntesriktning
Förklaring av Kodon-animeringen
Den genetiska koden

1. Strängar och syntesriktning

Alla strängar syntetiseras från 5'-ändarna > > > till 3'-ändarna för både DNA och RNA.
Proteinkedjor syntetiseras från aminoterminalen > > > till karboxyterminalen.
Minnesknep för färgerna: Den gamla änden är den kalla änden (blå); den nya änden är den heta änden (där nya delar läggs till) (röd).

DNA	Kodande sträng (kodon)	5' > > > - - - - - - T T C - - - - - - > > > 3'
DNA	Mallsträng (Anti-kodon)	3' < < < - - - - - - A A G - - - - - - < < < 5'
mRNA	Budbärare (kodon)	5' > > > - - - - - - U U C - - - - - - > > > 3'
tRNA	Överför (Anti-kodon)	3' < < < A A G < < < 5'
Protein	Aminosyra	Amino > > > Fenylalanin> > > Karboxy

Som visas i skissen ovan syntetiseras RNA komplementärt och antiparallellt till mallsträngen (antikodon) i DNA-molekylen, så att den mRNA-molekyl som bildas består av kodon som motsvarar de som finns i DNA-molekylens kodande sträng. Antikodonen i tRNA är anpassade till varje triplett av mRNA-kodon till den korresponderande aminosyran, enligt den genetiska koden:

2. Förklaring till Kodon-animeringen

De flesta bilderna visar 17 baspar. I Kodon-animeringen har de två basparen längst till vänster gömts, så att exakt fem kodon à tre baser syns (15 baspar).
Den kodande strängen blir blå, och försvinner sedan så att endast mallsträngen är kvar (se strängar ovan).
Anti-kodonen i mallsträngen känns igen på att det är grupper om tre baser, från den högra änden (5’-änden) till den vänstra änden (3’-änden), det vill säga rör sig i syntesens riktning. (För mer om hur man identifierar 5’- och 3’-ändarna, klicka på “bakåt”-knappen i din webbläsare och titta på grafiken på sidan “Ändar och antiparallellism”.
Nu visas mRNA-kodonen som endast vit text, och kompletterar anti-kodonen i mallsträngen i DNA. De visas från vänster till höger, det vill säga i den riktning som mRNA skulle syntetiseras (5’ till 3’ för mRNA), antiparallellt mot den kodande DNA-strängen.
Till slut, efter varje mRNA-kodon läggs ”=” och den aminosyra som kodonet kodar för (se koden nedan).

3. Den genetiska koden

Den genetiska koden (mRNA)
1:a positionen (5'-ända)	2:a positionen (mitten)				3:e positionen (3'-ända)
1:a positionen (5'-ända)	U	C	A	G	3:e positionen (3'-ända)
U	Phe F Phe F Leu L Leu L	Ser S Ser S Ser S Ser S	Tyr Y Tyr Y stopp stopp	Cys C Cys C stopp Trp W	U C A G
C	Leu L Leu L Leu L Leu L	Pro P Pro P Pro P Pro P	His H His H Gln Q Gln Q	Arg R Arg R Arg R Arg R	U C A G
A	Ile I Ile I Ile I Met M	Thr T Thr T Thr T Thr T	Asn N Asn N Lys K Lys K	Ser S Ser S Arg R Arg R	U C A G
G	Val V Val V Val V Val V	Ala A Ala A Ala A Ala A	Asp D Asp D Glu E Glu E	Gly G Gly G Gly G Gly G	U C A G

Ett kodon: Met, Trp.
Två kodon: Asn, Asp, Cys, Gln, Glu, His, Lys, Phe, Tyr.
Tre kodon: Ile, stopp ("nonsens").
Fyra kodon: Ala, Gly, Pro, Thr, Val.
Fem kodon: ingen.
Sex kodon: Arg, Leu, Ser.

Jag är tacksam för all hjälp jag fått från Steve Sandler och Klaus Nüsslein på Microbiology Department och Life Sciences vid University of Massachusetts, Amherst.