La structure de l'ADN :
Plan de leçon à l'usage des enseignants

• Travaillez dans une salle d'informatique dans laquelle chaque binôme (ou chaque élève) dispose d'un ordinateur. Il est préférable de travailler par deux.
• Mettez les questions à disposition sur papier. Indiquez aux élève quelles questions vous souhaitez leur voir traiter, et de quelle durée ils disposent. C'est probablement plus efficace de faire travailler les élèves par deux. Expliquez leur qu'ils devront utiliser les représentations moléculaires interactives pour trouver les réponses aux différentes questions.
• A la fin de la séquence de travail, distribuez les réponses, et faites évaluer à chaque binôme les réponses d'un autre groupe. Encouragez la discussion entre groupes.

Attention:

La question 17 (série de questions B) pose un problème auquel on ne peut répondre que si le tutoriel utilise l'un des deux modèles d'ADN disponibles (voir l'option “a” ci-dessous). Le gestionnaire de site ou l'enseignant peuvent décider du modèle moléculaire à utiliser en en procédant simplement à l'édition de l'un des fichiers (ajout ou retrait de //). Voir l'explication détaillée ci-dessous.

Les réponses aux questions sont disponibles sur demande par email à Eric Martz en indiquant votre situation universitaire, ou en faisant référence à votre établissement scolaire.

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(Approfondissement)

Quel modèle d'ADN utiliser ?

Deux modèles d'ADN sont disponibles au choix pour ce tutoriel. Vous pouvez facilement savoir lequel est en cours d'utilisation en ouvrant le pop-up menu de Jmol (clic droit dans la fenêtre, ou clic sur le logo Jmol dans le coin inférieur droit de la fenêtre Java) et en consultant le premier item du menu déroulant, la molécule indiquée peut être soit 1D66 soit dna.

(a) Le classique 1d66-pwz.pdb (modifié par Eric Martz à partir de 1d66.pdb, pour l'ancien tutoriel ADN utilisant Chime).

Ce modèle comporte une erreur en C28, dont la base est inversée de telle sorte que c'est le mauvais côtéqui se trouve face à la base complémentaire G11.

En utilisant les capacités de Jmol, de longues liaisons hydrogène sont tracées jusqu'aux bons atomes, C28 et G11, qui sont assez éloignés dans le modèle ; les liaisons hydrogène en résultant, anormalement longues, sont similaires à celles que dessine automatiquement Chime.

Martz a profité de cette anomalie pour proposer l'une de ses questions aux étudiants (série B, question n° 17)

(b) Un nouveau dna.pdb (modifié par Angel Herráez à partir de 1d66-pwz.pdb) avec une correction de la position de C28, qui établit désormais des liaisons hydrogène normales (selon Watson-Crick) avec Jmol.

La question n° 17 n'a plus aucun sens avec cette molécule et il n'est plus possible d'y répondre.