3.- El visor Jmol para estructuras en 3D

Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones, con prestaciones para compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas.

Modelos 3D

• interactivos
• diferentes estilos: bolas y varillas, varillas, esferas, cintas, etc.
• programables
• en biopolímeros, reconoce la información (bio)química subyacente: proteínas, DNA, RNA, ligandos, disolvente, alfa, beta, polar, apolar...

Uso

• como un programa normal ("aplicación Jmol")
• como un componente de páginas web ("miniaplicación Jmol" [applet])
• como un componente de otros programas

Características

• multiplataforma (Java corre en Windows, Mac, Linux... —no en iPad et al.)
• traducido a muchos idiomas
• nueva versión JSmol corre sin Java (html5; ordenadores, tabletas y teléfonos)

Direcciones de referencia:

• la web oficial www.jmol.org — Información general, descarga
• la wiki oficial wiki.jmol.org — Información útil de uso
• el manual completo de instrucciones — avanzado, detallado
  Jmol Scripting Documentation — acceso desde la web
• sitios de ayuda, guías, ejemplos... — de usuarios; hay lista en la wiki
• mi libro ;-)

El programa

Descarga

• www.jmol.org y seguid los enlaces hasta:
  • Jmol-13.x.x-binary.zip  (para todos en general)
  • o bien Jmol-13.x.x-binary.tar.gz  (para quien sepa lo que es tar.gz)
  • no Jmol-13.x.x-full.tar.gz  (para programadores)
• Es un paquete comprimido. Dependiendo del uso que se busque, habrá que extraer los archivos necesarios.

¿Instalación?

• no se instala, se copia
• del archivo (zip o gz) descargado, hay que extraer Jmol.jar y se usa ejecutándolo

Uso

• Menú superior
• Menú contextual (botón derecho o Ctrl+botón izdo., o clic en el logotipo Jmol inf.dcha.)
• Consola de instrucciones
• Instrucciones desde "guiones" en archivos o páginas web