3.5. - Recetario: algunas instrucciones útiles

(Para usar en la consola o en guiones)

Fichero .pdb con y sin conexiones atómicas. La última columna establece el tipo de átomo:

color cpk; Jmol asigna colores automáticamente.  

spacefill 25%;
spacefill 15%;

Asigna tamaño a todos los átomos.
(Se puede modificar los tamaños de forma selectiva).
wireframe 0.05;
wireframe 0.3;		 Grosor de los enlaces.  
connect (atomno=5)(atomno=3);
connect (atomno=5)(atomno=4);
connect (atomno=5)(atomno=1) double;
connect (atomno=5)(atomno=2) double;		 Conecta átomos con enlaces sencillos o dobles Tambien “partial”, “triple”

color bonds silver;
color bonds white;

Cambia color de enlaces.
Cualquier color vale.
Tambien por código [255,0,0] o [xFF0000]
select atomno=5;
color atom green;
font label 20 sans bold;
label "S";
set labeloffset 0 0; //imagen izquierda
set labeloffset 5 5; //imagen derecha
color label white		 Selecciona un átomo. Cambia su color.
Pone etiqueta (tamaño).
Etiqueta.
Situación de la etiqueta.
Color de etiqueta.
select atomno=1,atomno=2,atomno=3; select atomno>=1 and atomno<=3; Formas de seleccionar átomos.  
connect 1.4 1.5 (*) (*); Une átomos en ese intervalo de distancia.  
draw e1 diameter 0.01 (atomno=2) (atomno=9) noFill mesh;

draw e2 diameter 0.01 …..

 Dibuja una linea entre dos átomos. Color butano.
Útil por ejemplo para "definir" la celda unidad.
color echo white;
font echo 16;
set echo et1 5% 100%;
set echo et1 center;
echo SO<sub>4</sub><sup>2-</sup>		 Poner texto.
Tamaño texto.
Situación x, y.
Texto
select atomno=5;
polyhedra 1.6 translucent 0.3;
polyhedra edges; //bordes en aristas
 Distancia para poliedro.
Grado de transparencia.
Con o sin bordes en aristas		 sin
center (atomNo=5); Centrar la figura en un átomo.  
select atomno=5;
lcaoCartoon scale 1.0 "sp3a";
lcaoCartoon color translucent yellow;
lcaoCartoon scale 1.0 "sp3b";
lcaoCartoon color translucent yellow;
 A veces hay que repetir un código para que se entere.
Observar terminaciones a, b, c….
draw miplano fixed {-4.66 4.73 0.62} {-5.67 4.92 1.62} {-6.7 4.67 0.64};
color $miplano white translucent;
 Entre { } las coordenadas de tres o cuatro átomos.
Puede ser sin átomos.
connect (atomno=5) (*) delete; Elimina todos los enlaces al átomo 5:
select (atomno=1);
color halos yellow; halos 15%;
select all; labels off;
color halos yellow; halos 20%;

15%

20%
draw arrow1 arrow {5.67 4.92 1.62} color blue (atomno=3) offset {0.3 0.3 0}; De las coordenadas de S hasta el átomo 3.
Offset {0 0 0} pone la flecha sobre el enlace

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