Prestaciones más avanzadas:

Requieren la consola y el lenguaje de guiones.

3.4.- Proximidad, unión, centros activos

Medida de distancias:

• doble clic en el primer átomo , doble clic en el segundo
• menú contextual > Mediciones

Selección por distancia:

• en la consola de guiones
• instrucción within

Ejemplo: contacto entre sustrato y enzima

• Abrir 6csc_monomero.pdb
• Usando el ratón, averiguar el nombre de los ligandos
• Activar el resaltado:
  menú contextual > Seleccionar > Halos de selección
  menú > Seleccionar > No (nada)
• Veamos el bolsillo del citrato:
• Abrir la consola de guiones y escribir:
   select within(3.0, CIT);
   define sitiocitrato selected;
• menú Estilo > Patrón > Bolas y varillas
• Probar otras distancias
• Mejor:
   select within(3.0, CIT) and not CIT;
• Ahora lo mismo para el CoA
  ...

Ejemplo: contacto entre subunidades

• Abrir 6csc_dimero.pdb
• Usando el ratón, averiguar el nombre de las cadenas
• Activar el resaltado:
  menú contextual > Seleccionar > Halos de selección
  menú > Seleccionar > No (nada)
• Abrir la consola de guiones y escribir:
   select within(4.0, chain=A) and not chain=A;
   define contacto_con_A selected;
   select within(4.0, chain=B) and not chain=B;
   define contacto_con_B selected;
   select contacto_con_A, contacto_con_B;
• menú Color > Átomos > Cian
• Probar otras distancias, otros estilos...