3.2.- Color en Jmol

Se aplica a:

• Átomos
• Enlaces
• Representaciones esquemáticas
• Fondo
• Objetos (no lo veremos)

El resto heredan de los átomos, pero se pueden definir por separado.

De nuevo:

1. seleccionar la parte deseada de la molécula,
2. aplicar el color

No sólo es cuestión estética, sino de transmisión de la información deseada, según el caso. Es una herramienta docente importante.

Colores uniformes

Esquemas o patrones de coloreado

• un color cada elemento (el predeterminado, CPK)
• por carga (si hay esa información en el archivo —poco frecuente)
• biomacromoléculas:
  • por estructura secundaria
  • por posición en la cadena: N→C, 5'→3' (arco iris "roygb")
  • un color cada cadena
  • un color cada tipo de aminoácido o nucleótido
  • por "temperatura": movilidad o imprecisión
• [descripción en la web Jmol.org]

Demostración.

Ruegos y preguntas: ¿qué te gustaría mostrar?