Una enzima que corta el plásmido una vez produce un mapa bastante trivial (círculo superior en la figura). Cuando se usa una enzima que corta en dos sitios, se producen dos fragmentos (imagen central). Los dos mapas se pueden superponer en muchas orientaciones (imagen inferior). Cuando se hace un mapa a partir de los datos de un gel, la elección de cómo deben orientarse los dos mapas entre sí viene determinada por el patrón de bandas en el gel. La clave es identificar qué bandas se "desplazan" al añadir la segunda enzima.