Las moléculas de DNA que se utilizan habitualmente como patrones en un gel de agarosa son moléculas lineales (por ejemplo, fragmentos preparados a partir del DNA del bacteriófago lambda). Los fragmentos problema, de las otras calles del gel, se comparan con tales patrones para determinar su tamaño.
Este proceso sólo es exacto si las moléculas tienen todas la misma forma. Debido a que las moléculas SUPERENROLLADAS avanzan más rápido que las moléculas LINEALES DE LONGITUD COMPLETA del mismo nº de pb, es imposible utilizar patrones lineales para determinar el nº de pb de las moléculas superenrolladas. Lo único que podemos es dar una cota o límite inferior para su longitud (es decir, la molécula superenrollada siempre tendrá más pb de lo que aparenta al compararla con los patrones).
En este ejemplo, las dos bandas superiores avanzan como si tuviesen 5,2 y 5,0 kilobases. Una de ellas es la forma LINEAL DE LONGITUD COMPLETA, y ése será el tamaño correcto para este plásmido. La otra es la forma CIRCULAR RELAJADA y para ella la estimación de 5,2 kb es incorrecta, pues no tiene en cuenta su conformación no lineal.
Igualmente, las moléculas SUPERENROLLADAS del mismo nº de pb avanzan con un tamaño aparente de 3,4 kb, pero éste no es el tamaño de la molécula. Todas las moléculas de esta muestra tienen el mismo nº de pb: 5000 (5,0 kb).