Las tres formas de un plásmido que no se ha cortado con enzimas de restricción, todas de la misma longitud (nº de pb) y misma masa molecular, no se comportan del mismo modo durante la electroforesis. Debido a que las moléculas SUPERENROLLADAS son más compactas, su volumen es menor, se mueven con más facilidad a través del gel, y las encontramos más lejos del punto de origen, el pocillo.
Las moléculas CIRCULARES RELAJADAS y las moléculas LINEALES DE LONGITUD COMPLETA avanzan más lentamente que las superenrolladas. Habitualmente, las moléculas lineales avanzan un poco más rápido que las circulares relajadas pero, dependiendo del plásmido concreto y de las condiciones experimentales (por ejemplo, si se ha añadido o no bromuro de etidio al gel antes de la electroforesis), la forma lineal puede avanzar igual o menos que la relajada.