Durante la extracción, la preparación y la conservación del DNA plasmídico, es frecuente que tengan lugar algunos cortes (o mellas) en una sola hebra de las moléculas SUPERENROLLADAS. El plásmido se desenrolla inmediatamente, debido a la tensión acumulada en los superenrollamientos, dando la forma CIRCULAR RELAJADA. El DNA purificado no se puede superenrollar de nuevo, puesto que no hay topoisomerasas presentes.
Por otra parte, si se produce el corte en las dos hebras de algunas moléculas de plásmido, se convertirán en moléculas LINEALES DE LONGITUD COMPLETA.
Las tres formas, superenrollada, relajada y lineal, tienen la misma “longitud” o nº de pb, y la misma masa molecular, pero distinta conformación y, así, distinto volumen efectivo, distinto tamaño tridimensional. Por ello, avanzan a distinta velocidad por el gel.