Las enzimas de restricción en realidad digieren un grupo de moléculas de DNA. En esta figura, la enzima actúa sobre un grupo de moléculas circulares de plásmido de 6,8 kb.
Tanto la duración de la digestión como la concentración de la enzima determinan si la digestión será completa. Si algunas moléculas no se han cortado por completo, se dice que ha habido una digestión parcial.
El resultado en este ejemplo es una mezcla en la que están presentes los productos de 5,5 kb y 1,3 kb (digestión completa) junto con algunas moléculas de 6,8 kb (digestión parcial).