Cada fragmento de DNA viaja a través del gel impulsado por la corriente eléctrica, a una velocidad constante que depende inversamente de su tamaño.
El DNA se puede teñir con bromuro de etidio u otro compuesto intercalante, de modo que al iluminar el gel con luz ultravioleta se ve la posición de las moléculas de DNA; todos los fragmentos de un mismo tamaño estarán juntos formando una banda en el gel.
El colorante azul actúa como punto de referencia. Dependiendo de cuál sea el colorante usado y del tamaño de los fragmentos, el colorante avanzará por delante de todos o puede ser más lento que los fragmentos más pequeños. Pero en un gel de una concentración determinada (por ej., 0,65% de agarosa) el colorante siempre guardará la misma relación con los fragmentos de DNA.
Si sólo hay dos sitios de corte, habrá dos tipos de molécula, los dos fragmentos producto. En este ejemplo, los fragmentos tienen 1,3 kb y 5,5 kb. El fragmento más pequeño avanza por el gel más rápidamente.