El modelo multi-fotograma fue preparado por Angel Herráez a partir de datos de dinámica molecular cedidos amablemente por Luboš Vrbka[1] (Instituto de Química Orgánica y Bioquímica, Praga). Los datos del Dr. Vrbka se convirtieron desde el formato Gromacs .gro al formato pdb usando el programa editconf [2], luego se eliminaron los átomos ficticios correspondientes a centros de densidad electrónica y todo se combinó en un solo archivo pdb multimodelo. Los fotogramas 1 a 40 corresponden a los tiempos 70 a 109 nanosegundos en una trayectoria representativa de simulación de congelación.
En esta página el modelo se muestra empleando las posibilidades de Jmol. Los enlaces covalentes los determina automáticamente Jmol, mientras que los enlaces de hidrógeno se imponen entre aquellos átomos de oxígeno e hidrógeno que no están unidos covalentemente y están separados menos del valor indicado arriba.
Las imágenes de agua y hielo se tomaron de Wikimedia Commons, bajo Licencia de Documentación Libre GNU versión 1.2 o posterior.
Créditos: Angel Herráez, Luboš Vrbka, Pavel Jungwirth
