Hecho con JSmol
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Transición agua <--> hielo

Simulación por dinámica molecular

enfriar
agua hielo
<-->
calentar

enlaces de H, cuando la distancia entre H y O sea inferior a ángstroms (espera un tiempo para el recálculo).

retícula (espera un tiempo para el recálculo).

 


Métodos

El modelo multi-fotograma fue preparado por Angel Herráez a partir de datos de dinámica molecular cedidos amablemente por Luboš Vrbka[1] (Instituto de Química Orgánica y Bioquímica, Praga). Los datos del Dr. Vrbka se convirtieron desde el formato Gromacs .gro al formato pdb usando el programa editconf [2], luego se eliminaron los átomos ficticios correspondientes a centros de densidad electrónica y todo se combinó en un solo archivo pdb multimodelo. Los fotogramas 1 a 40 corresponden a los tiempos 70 a 109 nanosegundos en una trayectoria representativa de simulación de congelación.

  1. Vrbka, L. y Jungwirth, P. (2006) Homogeneous freezing of water starts in the subsurface. Journal of Physical Chemistry B 110: 18126. Resumen. Versión PDF.
  2. Editconf - http://wiki.gromacs.org/index.php/editconf

En esta página el modelo se muestra empleando las posibilidades de Jmol. Los enlaces covalentes los determina automáticamente Jmol, mientras que los enlaces de hidrógeno se imponen entre aquellos átomos de oxígeno e hidrógeno que no están unidos covalentemente y están separados menos del valor indicado arriba.

Las imágenes de agua y hielo se tomaron de Wikimedia Commons, bajo Licencia de Documentación Libre GNU versión 1.2 o posterior.

 


Totally Valid HTML 4.01 Créditos: Angel Herráez, Luboš Vrbka, Pavel Jungwirth
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