Puedes ponerle un nombre (se guardará internamente en el modelo):
Pulsa
la estructura minimizada.
Para guardarla, pulsa ; una vez se abra la nueva página del navegador, desde su menú elige Archivo o Página > Guardar como... > Archivo de texto y guárdalo en tu disco; luego es conveniente que le cambies el nombre para que tenga la extensión .mol en lugar de .txt .