Alternativas a la función de Jmol “Exportar a web”

Esta es una lista de métodos alternativos a la función “Exportar a web” incluida en Jmol, con algunos comentarios (pueden consultarse discusiones más completas en la wiki de JTAT):

• Basadas en un servidor
  1. Proteopedia.org es una wiki diseñada para que los usuarios contribuyan aportando vistas anotadas y animadas de macromoléculas, usando Jmol. Toda la funcionalidad se genera dentro de la propia wiki.
  2. SChiSM2 es un sistema de plantillas basado en el servidor, que permite tener una miniaplicación Jmol controlada por botones asociados con un texto explicativo . El resultado tiene un aspecto muy similar al que se consigue con la plantilla “ScriptButton” de la función “Exportar a web” de Jmol.
  3. Utilidad de autoría de la International Union of Crystallography. En este caso, se trata de una aplicación basada en el servidor que produce páginas con Jmol para ser publicadas en las versiones en línea de las revistas de IUCr.  B. McMahon, R. M. Hanson “A toolkit for publishing enhanced figures”, Journal of Applied Crystallography 41: 811-814 (2008).
• Programas o plantillas independientes
  1. JTAT es una plantilla similar a la plantilla “ScriptButton” de la función “Exportar a web” incluida en Jmol. Para acceder a todas las prestaciones de la plantilla JTAT necesitarás editar algo el código html y algunos textos en archivos JavaScript. Asimismo deberás cuidar de la ubicación de los archivos.
  2. Molecular Workbench genera guías en forma de aplicaciones Java que, aunque pueden iniciarse desde una página web, no están incluidas en ella. Utiliza Jmol para la representación tridimensional de las moléculas. Algunas referencias bibliográficas:
     • Q. Xie, R. Tinker, “Molecular dynamics simulations of chemical reactions for use in education”, Journal of Chemical Education 83: 77-83 (2006).
     • A. Pallant, R. Tinker, “Reasoning with atomic-scale molecular dynamic models”, Journal of Science Education and Technology 13: 51-66 (2004).
  3. JmolShell es un conjunto de herramientas (plantillas en html, Javascript y JmolScript) para elaborar guías con Jmol consistentes.
  4. Las herramientas clásicas de J. Gutow son guiones en Perl y aplicaciones Java que ya no se siguen manteniendo al día. La mayor parte de sus prestaciones se han incluido en Jmol de uno u otro modo. Estas herramientas antiguas pueden servir de punto de partida para quien quiera escribr código para construir páginas web con Jmol.