Los objetos se colorean a voluntad en Jmol usando la instrucción color (o colour):
color objeto color o patrón de coloreado
Se incluye información sobre los colores de RasMol para aquéllos que estén adaptando materiales basados en RasMol o Chime para usarlos con Jmol.
Muchos de los patrones de coloreado descritos a continuación sólo son aplicables para archivos PDB y mmCIF de biomacromoléculas.
Instrucciones relacionadas:
color objeto cpk , set defaultColors Jmol , set defaultColors RasmolAplica colores a cada átomo del objeto de acuerdo con el elemento químico, según se indica en las tablas que siguen. Las representaciones del esqueleto, tales como cintas, esquemáticas, etc., se representan con el color de los carbonos alfa en el caso de proteínas, y con el del fósforo para ácidos nucleicos.
Colores predeterminados para los elementos, según tabla periódica:
Poniendo el puntero del ratón sobre cada elemento se muestra información.
Al hacer clic sobre un elemento avanzarás hasta su posición en la lista siguiente.Colores predeterminados para los elementos, según número atómico:
El esquema “CPKnew” sólo es aplicable a Rasmol v. 2.7.3 (o posterior); sólo se muestran las diferencias con el CPK clásico.
Nota: CPKnew para átomos desconocidos es FA1691, ligeramente diferente del CPK FF1493, pero se ha omitido en la tabla por claridad.
Instrucciones relacionadas: color objeto amino , color objeto shapely
amino representa en un color propio los residuos de cada uno de los 20 aminoácidos canónicos (así como Asx y Glx), y con un color adicional todo lo demás (incluidos los nucleótidos, los disolventes y los ligandos). Algunos colores son comunes a dos o más aminoácidos que tienen propiedades similares.
shapely usa un juego diferente de colores para los aminoácidos (todos diferentes) y también colores diferentes para cada uno de los 6 tipos de nucleótido.
Instrucción relacionada: color objeto chain
Representa cada cadena del modelo con un color diferente. Este patrón de coloreado es particularmente útil para diferenciar las partes de una estructura multimérica, o las dos hebras de un DNA bicatenario. Los átomos de grupos HETERO (sólo en archivos PDB) se colorean un poco más oscuros que los de campos ATOM.
Instrucción relacionada: color objeto structure
Utiliza colores distintos para diferenciar seis tipos de estructura secundaria en proteínas (3 tipos de hélices, hebras y láminas beta, giros y bucles) y el DNA del RNA. La estructura secundaria se lee del archivo PDB (campos HELIX y SHEET) o, si esa información no está disponible, se determina usando un algoritmo.
Se pueden usar diversas propiedades que varían en un intervalo continuo para colorear átomos y estructuras. En tales casos, Jmol usa varios gradientes de color, o "arco iris".
Arco iris directo (roygb)rojo→ anaranjado → amarillo → verde → azul Arco iris inverso (bgyor)azul → verde → amarillo → anaranjado → rojo Gradiente rojo-blanco-azul (rwb)rojo → tonos de rojo-rosado → blanco → tonos de azul → azul Gradiente azul-blanco-rojo (bwr)azul → tonos de azul → blanco → tonos de rosado-rojo → rojo Arco iris bajo (low)rojo→ anaranjado → amarillo Arco iris alto (high)amarillo → verde → azul | 
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Instrucciones relacionadas: color objeto group , color objeto monomer
Se colorea mediante un arco iris inverso (bgyor), de acuerdo con la posición de los grupos o residuos (por ejemplo, aminoácidos o nucleótidos) a lo largo de una cadena.
(azul = nitrógeno = N-terminal = comienzo de la cadena = 5')
(rojo = oxígeno = C-terminal = final de la cadena = 3')group:
- Se aplica el intervalo completo de colores a los grupos indicados o seleccionados de la cadena (es decir, la escala es relativa, no absoluta).
- Se utiliza el orden de los grupos en el archivo, no el número que tienen asignado en el archivo.
- El coloreado es independiente para cada cadena.
monomer:
Una variación, relativa a "monómeros" en un "polímero" más que a "grupos" en una "cadena". Un "polímero" es una serie de "monómeros" conectados (al menos para este propósito).
- Jmol interpreta el patrón de esqueleto en residuos consecutivos ("monómeros") para identificar "polímeros" continuos.
- Si una cadena está interrumpida, los dos trozos the chain se reconocen como polímeros independientes y, por tanto, se colorean independientemente con el intervalo completo de colores, a pesar de que ambos trozos están marcados con el mismo identificador de cadena en el archivo.
- De nuevo, la numeración de los grupos en el archivo es irrelevante.
- Los grupos HETERO pueden formar parte de un polímero dependiendo de cómo estén etiquetados en el archivo PDB/mmCIF y siempre que tengan un patrón de esqueleto reconocible por Jmol como una secuencia de unidades individuales.
Nota para RasMol/Chime: en RasMol/Chime, el índice de un grupo es relativo a la cadena completa, mientras que en Jmol es relativo al conjunto de grupos de la cadena seleccionado en ese momento. Además, la instrucción set hetero no está disponible en Jmol. Si quieres excluir los grupos "hetero", no los selecciones.
Instrucciones relacionadas: color objeto relativeTemperature , color objeto fixedTemperature
Cada átomo se colorea, siguiendo un gradiente bwr, según su "factor de temperatura" (o factor B, o factor de Debye-Waller) guardado en el archivo PDB o mmCIF. Esto proporciona típicamente una medida de la mobilidad de un átomo dado, o la incertidumbre en su posición. Un factor B cristalográfico elevado puede indicar una estructura incorrecta.
(azul = frío = temperatura baja = estático/immóvil)
(rojo = caliente = temperatura alta = variable/móvil)fixedTemperature: el factor se refiere a una escala absoluta de 0 a 100.
relativeTemperature: el color es relativo a los valores mínimo y máximo de factor B presentes en el archivo (no en la selección).
relativeTemperature tras set rangeSelected on: el color es relativo a los valores mínimo y máximo de factor B presentes en la parte del modelo seleccionada actualmente.
Nota: el campo del factor de temperatura en un archivo PDB es usado a veces por el autor del archivo para indicar cualquier otra propiedad de los átomos del modelo.
Nota para Rasmol/Chime: En RasMol y Chime, temperature (la única opción disponible) utiliza también una escala relativa, pero con un arco iris inverso (bgyor). En Jmol, temperature hace lo mismo que relativeTemperature.
Instrucción relacionada: color objeto formalCharge
Colorea los átomos según su carga formal, o estado de ionización. Usa un gradiente rojo-blanco-azul (rwb) restringido: tonos de rojo para los aniones, tonos de azul para los cationes, blanco para los átomos sin carga. El intervalo de valores manejado por Jmol para la carga formal es de -4 a +7, en una escala absoluta.
(rojo = oxígeno = carboxilo = negativo)
(azul = nitrógeno = amino = positivo)
Instrucción relacionada: color objeto partialCharge
Colorea los átomos según su carga parcial, o densidad electrónica. Usa un gradiente rojo-blanco-azul (rwb): tonos de rojo para alta densidad electrónica, tonos de azul para baja densidad electrónica, blanco para neutro. El intervalo de valores para la carga parcial se ajusta de acuerdo con los valores mínimo y máximo presentes en el archivo (es decir, se usa una escala relativa a los valores del archivo, pero no a los del conjunto de átomos seleccionados).
(rojo = oxígeno = carboxilo = negativo)
(azul = nitrógeno = amino = positivo)Nota para RasMol/Chime: En RasMol y Chime, 'charge' (la única opción disponible) está diseñado para archivos PDB que contienen cargas parciales en las columnas del factor B, y utiliza un gradiente arco iris directo (roygb) con una escala relativa a los valores presentes en el archivo. En Jmol, 'charge' hace lo mismo que 'formalCharge'.
Instrucción relacionada: isoSurface
Las isosuperficies (del disolvente, moleculares, orbitales...) se pueden colorear uniformemente o empleando un "mapa" de colores que refleja el valor de alguna propiedad en cada punto de la superficie (por ejemplo, el potencial electrostático molecular, la distancia, etc.). Para estos mapas están disponibles todos los gradientes de color predefinidos (así como los gradientes inversos), usando el parámetro 'colorScheme' de la instrucción 'isoSurface'.
Instrucción relacionada: color hBonds type
Colorea los enlaces de hidrógeno de una proteína basándose en el número de residuos comprendido entre los átomos que participan en el enlace. Para los enlaces de hidrógeno en un ácido nucleico se emplea otro color diferente.