La estructura del IRE libre en disolución, resuelta mediante RMN, no corresponde a la misma molécula de mRNA que la estructura del IRE unido a la proteína IRP1, resuelta por cristalografía de rayos X (2IPY.pdb). Son suficientemente similares para ilustrar lo que se pretende, pero sus secuencias no son iguales por completo.
Concretamente, en los residuos clave: el que se llama C8 es aquí C7 y el A15 es A14.