17.10 Estructura tridimensional de antibióticos inhibidores de la transcripción

Antibióticos de tipo I

rifampicina  · estreptolidigina  · amanitina

Antibióticos de tipo II

actinomicina D  · naranja de acridina  · daunomicina  · adriamicina

Véanse también otros intercalantes (aunque no se usan como antibióticos).

Antibióticos de tipo III

Aminocumarinas: novobiocina  · clorobiocina  · cumermicina A1

Quinolonas: ácido nalidíxico  · norfloxacina  · ciprofloxacina

Puede observarse la rifampicina unida a la RNApol.
Puede observarse la estreptolidigina unida a la RNApol.

Esquema de la estructura peptídica:

Puede observarse la amanitina unida a la RNApol II.

Puede observarse la actinomicina D unida al DNA. El sistema aromático de fenoxazona se introduce en la molécula de DNA, al intercalarse entre los pares de bases apilados, mientras que los dos péptidos cíclicos ocupan el surco menor.

Véase también pág. 130.

Puede observarse la daunomicina unida al DNA. El núcleo aromático se intercala entre los pares de bases apilados, mientras que el resto de la molécula se sitúa en el surco menor.
La novobiocina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa. Puede observarse unida a la girasa.
La clorobiocina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa.
La cumermicina se une al dominio N-terminal de la subunidad B de la DNA girasa, cerca del centro catalítico ATPasa; por ello, compite con la unión del ATP, inhibiendo así la acción de esta topoisomerasa.
El ácido nalidíxico estabiliza el complejo intermediario entre el DNA y la topoisomerasa, bloqueando ésta. Su mecanismo de acción es similar al de otras quinolonas, como la ciprofloxacina.
La norfloxacina estabiliza el complejo intermediario entre el DNA y la topoisomerasa, bloqueando ésta. Su mecanismo de acción es similar al de otras quinolonas, como la ciprofloxacina.
Puede observarse la ciprofloxacina unida al DNA en complejo con la DNA girasa.

La ciprofloxacina, como otras quinolonas, se une a las mellas creadas transitoriamente en el DNA por la topoisonerasa e impide que se complete la reacción (resellado de las mellas tras pasar la otra cadena de DNA a través de la abertura creada), quedando el DNA bloqueado en su unión a la enzima e impidiendo el cambio de superenrollamiento.

Referencias para las estructuras: